cromwell--学习札记

最新推荐文章于 2024-08-30 17:04:39 发布
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分类专栏： GATK 文章标签： cromwell
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本文链接：https://blog.csdn.net/orange_612/article/details/81942594
版权
本文记录了对Cromwell的使用体验和学习笔记，详细介绍了从版本31到34的主要更新内容，包括性能优化、Google Pipelines API支持、bug修复、WDL与CWL的改进、GPU资源设定、API增强以及对失败尝试次数的配置。同时提供了Cromwell的相关资源链接供参考。
摘要由CSDN通过智能技术生成

前言：

使用cromwell有一阵子了，但是一直对它不够了解，最近有时间开始整理了解到的一些内容。

版本更新：

目前使用的是版本31，最新的版本是34，当然过一阵子可能就会有更新的版本推出了，还是要持续关注小猪猪的~

31.1

Bug fix for $HOME variable in job script, performance improvements for metrics.

32

增加了对在google上运行的一些响应项：

  1.  Initial support for Google Pipelines API version 2；
  2.  Workflow options google_project output in metadata

修复了一些bug;

不仅仅支持/bin/bash，通过设定，也可以支持/bin/sh了；

通过在wdl中指定运行时属性，可以为PAPI backend设定gpu Type和gpu Count了<

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