[每周一更]-(第112期):WDL(Workflow Description Language)说明及使用示例

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什么是WDL?

WDL(Workflow Description Language)是一种用于定义数据处理工作流的语言,旨在帮助研究人员和开发人员描述和执行复杂的数据处理任务。

WDL主要用于生物信息学领域,但也适用于其他需要定义多步骤数据处理的领域。

WDL的设计目的是简单、易读、可扩展,并与各种执行引擎兼容,如Cromwell和MiniWDL。

WDL的基本结构

WDL脚本的基本结构包括以下部分:

  1. 任务(Task):定义单个步骤的具体操作,包括输入、输出和命令。
  2. 工作流(Workflow):定义任务的执行顺序和数据流。
  3. 导入(Import):允许在一个WDL文件中导入另一个WDL文件,便于模块化管理。

示例 WDL 文件

以下是一个简单的WDL示例文件,演示了如何定义和使用任务和工作流。

示例任务:字符串反转

定义一个任务,用于反转输入字符串:

task ReverseString {
    input {
        String input_str
  
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