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什么是WDL?
WDL(Workflow Description Language)是一种用于定义数据处理工作流的语言,旨在帮助研究人员和开发人员描述和执行复杂的数据处理任务。
WDL主要用于生物信息学领域,但也适用于其他需要定义多步骤数据处理的领域。
WDL的设计目的是简单、易读、可扩展,并与各种执行引擎兼容,如Cromwell和MiniWDL。
WDL的基本结构
WDL脚本的基本结构包括以下部分:
- 任务(Task):定义单个步骤的具体操作,包括输入、输出和命令。
- 工作流(Workflow):定义任务的执行顺序和数据流。
- 导入(Import):允许在一个WDL文件中导入另一个WDL文件,便于模块化管理。
示例 WDL 文件
以下是一个简单的WDL示例文件,演示了如何定义和使用任务和工作流。
示例任务:字符串反转
定义一个任务,用于反转输入字符串:
task ReverseString {
input {
String input_str