Ubuntu安装SimpleElastix

最近在做医学图像的配准, 在SimpleElastix安装的过程中, 踩了很多坑, 现在梳理一下安装过程, 以备下次安装.

官方文档:  https://simpleelastix.readthedocs.io/GettingStarted.html

1. 如果已经安装了SimpleITK, 请先卸载, 后面安装SimpleElastix的时候会自动安装SImpleITK, 新老版本不一致会有冲突

$ pip uninstall SimpleITK

2. 按官方文档, 克隆git仓库到本地

$ git clone https://github.com/SuperElastix/SimpleElastix

 3. 检查是否有各种语言的依赖包, 建议用以下命令安装一下

$ sudo apt-get install cmake swig monodevelop r-base r-base-dev ruby ruby-dev python python-dev tcl tcl-dev tk tk-dev

4. 建立一个名为built的文件夹, 用来存放编译的文件, 然后对SimpleElastix进行编译

编译提示cmake版本太低需要3.10以上版本，下载安装包升级到3.14.4, 编译报错<makefile：83>,查了一下貌似是cmake的问题，所以又重新装了3.14.0，终于可以顺利编译啦。

$ mkdir build

$ cd build

$ cmake ../SimpleElastix/SuperBuild

$ make -j4

编译过程中遇到了R的版本太低的问题, 卸载并重新安装了R-3.4.4解决了问题.

5. 编译结束后, 进入下面的文件夹

${BUILD_DIRECTORY}/SimpleITK-build/Wrapping/Python

执行以下安装:

$ python Packaging/setup.py install

 文档上是 $ sudo python Packaging/setup.py install, 装完运行程序报错' No SimpleITK Module', 去掉sudo安装就可以了.

 

至此安装完成, 按照官方文档的hello word进行测试, 完美运行.