SimpleElastix模块安装方法

最新推荐文章于 2024-07-23 14:36:35 发布

mmmkl1

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文章标签： python 图像处理 mr

本文链接：https://blog.csdn.net/mmmkl1/article/details/125893645

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git clone https://github.com/kaspermarstal/SimpleElastix

打开cmake操作界面如图所示source code 选择下载下来的代码里的SuperBuild文件夹，生成文件夹可以自定。（路径里不要含有中文且长度不要过长）

点击configure按钮选择vs版本，这里使用的是vs2019社区版。点击Generate进行cmake生成，初始勾选如下。

在这里插入图片描述

可以勾选Advanced修改python库路径，可以选择性修改为自己创建的conda库路径。

可以在cmd里转到对应环境后输入conda list查看库目录。对应修改CMake里的PYTHON_EXECUTABLE PYTHON_INCLUDE_DIR PYTHON_LIBRARY

在这里插入图片描述

修改完所有配置后再次点击Generate，没有任何异常后点击Open Project。

模式调为release，生成->配置管理器 勾选如图。

在这里插入图片描述
右击解决方案的ALL_BUILD点击生成即开始生成。

整个生成过程大概需要两个小时

SimpleElastix在生成时会用到各种依赖库，vs自动下载的库版本可能不兼容，需要自己手动下载覆盖。

在这里插入图片描述

从github上下载ITK库，覆盖生成文件夹下的ITK文件夹，删除原来生成错误的ITK-build和ITK-prefix

右键ALL_BUILD选择生成，无需重新生成。

在这里插入图片描述
与之前的错误解决方法相同，从github上下载elastix库，覆盖Elastix文件夹，删除Elastix-build和Elastix-prefix文件夹，右键All-build继续生成。

在这里插入图片描述
转到该生成路径，有elastix5.0.lib文件，该错误产生原因是不同版本的elastix生成的依赖库命名规则不同，直接将该文件重命名为elastix-5.0.lib，然后右键ALL-BUILD继续生成。

${BUILD_DIRECTORY}/SimpleITK-build/Wrapping/Python 目录下的**_SimpleITK.pyd**拷贝到

${BUILD_DIRECTORY}/SimpleITK-build/Wrapping/Python/Packaging

在这里插入图片描述

使用命令 python setup.py install 运行setup.py

运行完毕后在CMake里设置的python库路径下会新增一个SimpleITK的库，记得将原有的SimpleITK删除，否则会优先调用没有长后缀的那个SimpleITK库。
在这里插入图片描述

安装官网示例https://simpleelastix.readthedocs.io/
在这里插入图片描述

import SimpleITK as sitk
resultImage = sitk.Elastix(sitk.ReadImage("fixedImage.nii"), sitk.ReadImage("movingImage.nii"))

可以正确调用sitk.Elastix()函数即为配置成功。

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