最大似然估计(Maximum Likelihood,ML)

最大似然估计是一种统计方法,它用来求一个样本集的相关概率密度函数的参数。这个方法最早是遗传学家以及统计学家罗纳德·费雪爵士在1912年至1922年间开始使用的。“似然”是对likelihood 的一种较为贴近文言文的翻译,“似然”用现代的中文来说即“可能性”。故而,若称之为“最大可能性估计”则更加通俗易懂。

  最大似然法明确地使用概率模型,其目标是寻找能够以较高概率产生观察数据的系统发生树。最大似然法是一类完全基于统计的系统发生树重建方法的代表。该方法在每组序列比对中考虑了每个核苷酸替换的概率。  

最大似然估计的原理

给定一个概率分布D,假定其概率密度函数(连续分布)或概率聚集函数(离散分布)为fD,以及一个分布参数θ,我们可以从这个分布中抽出一个具有n个值的采样X_1, X_2,/ldots, X_n,通过利用fD,我们就能计算出其概率:

/mathbb{P}(x_1,x_2,/dots,x_n) = f_D(x_1,/dots,x_n /mid /theta)

  但是,我们可能不知道θ的值,尽管我们知道这些采样数据来自于分布D。那么我们如何才能估计出θ呢?一个自然的想法是从这个分布中抽出一个具有n个值的采样X1,X2,...,Xn,然后用这些采样数据来估计θ.

  一旦我们获得X_1, X_2,/ldots, X_n,我们就能从中找到一个关于θ的估计。最大似然估计会寻找关于 θ的最可能的值(即,在所有可能的θ取值中,寻找一个值使这个采样的“可能性”最大化)。这种方法正好同一些其他的估计方法不同,如θ的非偏估计,非偏估计未必会输出一个最可能的值,而是会输出一个既不高估也不低估θ值。

  要在数学上实现最大似然估计法,我们首先要定义可能性:

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