大连化物所周雍进组PNAS｜改造毕赤酵母实现甲醇高效合成脂肪酸衍生物

01

背景

化石资源的过度开发与利用使人类面临全球性的气候与粮食问题，因此迫切需要发展可持续化学品供应路线。甲醇作为一种新型的绿色能源可以由CO₂加氢制取 (“液态阳光”路线)，其生产和利用有助于实现碳中和目标。此外，甲醇还具有还原力高、易储存和运输等卓越优点，是一种潜力巨大的非糖基生物炼制基础原料。甲醇生物转化路线可以实现高选择性生产一些结构复杂的长链含氧化学品，如脂肪酸和脂肪醇，能够与现有的化工路线形成良好互补。然而与传统的糖基发酵碳源相比，甲醇及其代谢产物甲醛的高度生物毒性成为限制其利用的障碍。天然的甲基营养型微生物，如毕赤酵母，具备甲醇利用途径与甲醇诱导表达系统，因此是理想的甲醇生物炼制宿主。目前已在毕赤酵母中实现了多种化学品的甲醇生物合成，但是产物得率普遍较低，需要进一步改造。

02

内容

2022年7月11日，中国科学院大连化学物理研究所周雍进研究员团队在PNAS上发表了文章“Methanol biotransformation toward high-level production of fatty acid derivatives by engineering the industrial yeast Pichia pastoris”，在毕赤酵母中通过优化中心代谢与甲醇利用途径，实现了脂肪酸与脂肪醇的高效甲醇转化生物合成（图1）。

图1. 甲醇生物转化概念图

在本研究中，作者首先通过敲除脂酰辅酶A合成酶基因FAA1和FAA2阻断毕赤酵母β-氧化过程，使菌株成功积累了脂肪酸，但同时也发现以甲醇为碳源时，脂肪酸得率只有葡萄糖的48%。脂肪酸的生物合成需要消耗大量的乙酰辅酶A与还原性辅酶（NADPH），为了进一步提高脂肪酸产量，作者对细胞的中心代谢与辅酶供应进行了全局优化。通过构建细胞质柠檬酸裂解途径（ACL）与磷酸转乙酰基途径（XFPK-PTA）增加细胞质中前体乙酰辅酶A的供应。另外通过过表达异柠檬酸脱氢酶（Idp2）强化了NADPH的再生过程，有效提高了脂肪酸产量。作者还发现，以甲醇为底物进行脂肪酸合成时，细胞甲醛积累量显著增加，产物合成与甲醛细胞毒性会对毕赤酵母产生双重胁迫压力，导致产物合成效率下降。因此，作者通过高表达内源磷酸二羟丙酮合酶（Das2），强化了甲醛同化过程，显著降低细胞甲醛积累与ROS水平，提高了细胞活力与脂肪酸产量。最终，工程菌株在1 L生物反应器中以甲醇为唯一碳源实现了23.4 g/L的脂肪酸积累，达到了理论得率的24%。

图2. 毕赤酵母代谢改造以甲醇为底物生产脂肪酸

研究团队进一步通过代谢流切换策略，将脂肪酸生产菌株快速改造为脂肪醇生产菌株，以甲醇为唯一碳源进行分批补料发酵，脂肪醇产量达到2.0 g/L。本研究构建的细胞工厂为目前甲醇生物转化的最高水平。该工作可以作为甲醇生物转化研究的一个典型示范，为毕赤酵母甲醇生物炼制工业应用奠定基础，工作中揭示的甲醇调控规律也将为其他人工甲基营养菌株的构建提供借鉴。进一步结合“液态阳光”路线，有望实现碳中和的生产方式，助力国家“双碳”目标的实现。

图3. 代谢切换策略实现甲醇生物转化合成脂肪醇

值得一提的是，周雍进研究团队同一天在Nature Metabolism上发表文章“Rescuing yeast from cell death enables overproduction of fatty acids from sole methanol”（ https://www.nature.com/articles/s42255-022-00601-0， 详见往期推‍荐1）。研究团队在构建汉逊酵母细胞工厂合成脂肪酸时，发现甲醇毒性导致细胞死亡，通过适应性进化与理性代谢工程改造相结合的方式，并借助多组学测序分析，缓解甲醇代谢压力，实现了甲醇生物转化高效合成脂肪酸。而本研究毕赤酵母在甲醇培养基中仍能正常生长，说明不同甲醇酵母的甲醇耐受性有差异，甲醇耐受差异机制值得进一步深入探究。

该工作第一作者是中国科学院大连化学物理研究所博士研究生蔡鹏，通讯作者为周雍进研究员。本工作得到国家自然科学基金优青、面上项目，国家重点研发计划及大连化物所科研创新基金资助。

导师与招聘

周雍进，中科院大连化学物理研究所长聘研究员，博士生导师，国家自然科学基金优秀青年基金获得者，国家引进人才青年项目入选者，合成微生物学课题组组长。近年来开展合成微生物学和甲醇生物转化研究，构建了系列细胞工厂高效合成生物能源化学品与药用活性分子。曾在Cell、Nature Energy、Nature Metabolism、Nature Chemical Biology、Nature Communications、Nucleic Acids Research、PNAS、JACS等期刊发表论文70余篇。课题组网站www.synbc.dicp.ac.cn

招聘：

由于工作需要，现招聘合成生物学、酶工程或者生物信息学方向博士后2-4名

要求：博士学位，生物化工、微生物学、分子生物学或者生物信息学相关专业，并具有良好的科研素质和团队合作精神。有较强的专业英文阅读和写作能力；较强的英文文献查阅、分析和总结能力，发表过一定数量的英文科技论文。

待遇：课题组提供良好的科研条件以及优质后勤保障（平台条件请见http://www.ebp.dicp.ac.cn），税后年薪25万元以上，还可以申请大连化物所博后津贴10-30万元，国家博新计划30万元，优秀者可留所工作。欢迎各高校年轻教师进行非脱产全日制博士后（不需要调动档案，要求在大连化物所全日制工作），税后年薪22万元以上。

应聘材料：请将个人简历（包括工作经历、主要研究方向以及成果列表），获奖证书以及推荐人信息发送至邮箱synbc@dicp.ac.cn

04

致谢

感谢周雍进研究员课题组对本号的支持，感谢该课题组提供本文稿件支持！

转载/排版：遇见生物合成

往期精品(点击图片直达文字对应教程)

机器学习

后台回复“生信宝典福利第一波”或点击阅读原文获取教程合集