Cell | 根际“隐形军团“的神秘面纱被揭开！北京大学白洋团队构建首个作物根际“细菌+病毒“基因组数据库

当作物扎根土壤，根系周围早已暗藏着一支庞大的"隐形军团"——数以万计的细菌与病毒构成的根际微生物组。这些微小生命不仅参与植物的养分吸收、抗病抗逆，更与作物形成了亿万年协同进化的独特默契。然而，受限于基因组数据的匮乏，科学家始终难以破解这支"隐形军团"的运作密码。

北京时间2025年3月12日，北京大学白洋团队在Cell发表了题为Crop root bacterial and viral genomes reveal unexplored species and microbiome patterns的研究成果，构建了首个作物根际细菌基因组数据库（CRBC）与病毒基因组数据库（CRVC），一举突破植物-菌群互作研究的"数据荒漠"困境。该研究不仅将公开的作物根际细菌基因组数量扩展近3倍，更发现1500多个未被报道的根际病毒新属，堪称打开微生物暗物质宝库的“金钥匙”！

破纪录！全球最大根际微生物"基因身份证"库

研究团队历时9年攻坚，通过可培养细菌+宏基因组拼接双引擎驱动，成功建立包含4618株分离菌株与2081个拼接基因组的CRBC数据库，涵盖2318个物种，将公共数据库的作物根际细菌系统发育多样性提升290.6% （图1）。这意味着科学家首次手握覆盖主要作物根际的微生物"全息地图"，传统微生物组研究中"只见群落，不识真身"的困境将就此终结。

图1 CRBC和公共数据库中代表性物种的系统发育树

颠覆认知！根际微生物的"共性基因语言"

当研究团队将目光投向宏基因组数据时，一个颠覆性规律浮出水面：尽管不同土壤，不同作物的根际菌群组成千差万别，但根际宏基因组中的细菌双组份信号转导系统，鞭毛运动等核心功能基因却高度保守（图2）。这揭示了一个深层进化逻辑——在进化过程中，根际微生物与植物双向选择，形成跨物种的"功能共生同盟"。

图2 不同土壤中多种作物根际细菌微生物群的保守遗传特征

（左：根际细菌分类; 右：根际细菌功能）

病毒秘网！27%根际高丰度菌携带"噬菌体"

该研究更突破性地构建首个作物根际病毒基因组数据库CRVC，从9736个非冗余病毒基因组中解码出令人震惊的生态关联：近3成根际高丰度细菌携带噬菌体痕迹，且这些病毒对宿主菌表现出显著的偏好性（图3）。这一发现不仅拓展了对根际病毒生态的认知，更为精准调控菌群提供了全新思路——或许未来能通过"定向投放"噬菌体，来实现作物微生物组的智能编程。

图3 基因组水平揭示作物根际中细菌和噬菌体的广泛联系

北京大学白洋研究员为通讯作者，中国科学院遗传与发育生物学研究所戴睿博士、北京大学张婧赢副研究员、中国科学院遗传与发育生物学研究所工程师刘芳博士为共同第一作者。该项目受到荷兰瓦赫宁根大学、荷兰乌得勒支大学、以色列耶路撒冷希伯来大学、瑞士巴塞尔大学、广东省科学院微生物研究所等单位合作者的支持。该研究获国家重点研发计划、中科院先导专项、国家自然科学基金和新基石科学基金会科学探索奖等项目资助。

白洋实验室致力于研究根际微生物组中非模式微生物与植物的良性互作机制，成果发表在Cell（2025）、Nature（2015, 2024）、Science（2019）、Nature Biotechnology（2019）、Nature Microbiology（2022）等期刊，欢迎感兴趣的博士后联系并申请加入。

细菌和病毒基因组数据库：

www.cropmicrobiome.com

论文链接:

https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(25)00198-9