生物信息中linux常用命令（一）

首先你先有一个linux的环境

• 登录服务器

ssh username@hostip
例如：ssh Zhang@172.16.138.89

• 看当前路径

pwd

• 进入test件夹
• 返回上一层

cd test
cd ../

• 看当前路径下文件/看文件大小
• 想要在本文件夹下面看文件数量

ls
ll
ls -s
ls | wc -w

• 新建test文件夹/移除test文件夹/强制移除test文件夹

mkdir test
mkdir -p newdir/childdir
rm test
rm -rf test
rmdir -p childdir

• 新建test文件/把test文件改名为test1

touch test
mv test test1
mv test dir/  移动文件test到dir

• 拷贝文件

cp test test1

• 查看文件test/编辑test（vi/vim）

less test
less -S test
less -SN test
more test
head test
tail test
cat test
vi test
vim test

• 更改test权限，输入ll可以看到文件前面的10个参数

• 例如：-rwx-r–r--
  第一个跟参数属于管理员，跟chmod无关,先不管.
  2-4参数:属于user
  5-7参数:属于group
  8-10参数:属于others

  r==>可读 w==>可写 x==>可执行
  r=4 w=2 x=1
  所以755代表 rwxr-xr-x

• 更改test权限为775

chmod 775 test

• 显示文件每行指定范围的字符

cut -f num1-num2        # 显示每行从开头算起第num1到num2的域

Example ：cut -c 1-10 file       #显示文件file每行开头的10个字符

cut -f 1-10 file             # 显示文件file每行开头10列（以“\t”分割）

cut -d “ ” -f 2           # 显示文件file第二列

• 链接目录或文件

ln（link）
ln -s file1 file2  
ln -s file1 file2 dirname/     # 将file1 和file2链接到dirname下