docker安装Lefse和分析流程

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linux通过docker 安装 lefse
默认你已经安装好docker!

  • 下载lefse镜像文件
docker run -it biobakery/lefse bash
  • 启动docker的lefse镜像,并且把主机文件夹挂载到镜像,这样可以在镜像中看到主机中的文件夹,下面是吧主机中的Data文件夹挂在到镜像(shared文件夹需要自己建),更改 Data权限 shared 权限也会改变。
docker run -it -v /home/dock/Data:/shared biobakery/lefse /bin/bash
  • 转化为lefse需要的格式
format_input.py hmp_aerobiosis_small.txt hmp_aerobiosis_small.in -c 1 -s 2 -u 3 -o 1000000
  • LDA effect size (lefse) 分析
run_lefse.py hmp_aerobiosis_small.in hmp_aerobiosis_small.res
  • 画图
plot_res.py hmp_aerobiosis_small.res hmp_aerobiosis_small.png

LDA

plot_cladogram.py hmp_aerobiosis_small.res hmp_aerobiosis_small.cladogram.png --format png

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