15 PyClone推断肿瘤细胞的克隆组成

15 PyClone推断肿瘤细胞的克隆组成

写在前面

参考资料：

• https://bitbucket.org/aroth85/pyclone/wiki/Usage

• http://www.bio-info-trainee.com/3964.html

• https://www.nature.com/articles/nmeth.2883

PyClone介绍

上 一节我们提到肿瘤细组织是一个由正常细胞和肿瘤细胞组成的混合组织，而肿瘤中存在的异质性也导致了分析起来更加复杂。由癌细胞分裂的后代呈现的基因组水平 的差异，随着肿瘤进化而形成不同的克隆或亚克隆，如何根据测序数据来进行推断肿瘤的克隆和亚克隆的组成，就是 PyClone 所要解决的问题。考虑到突变频率的影响因素的复杂性：肿瘤组织中混有的正常细胞、携带该突变的肿瘤细胞的比例、每个细胞中突变的等位基因拷贝数、以及未知 的技术噪声来源，Pyclone 基于贝叶斯聚类方法，用于将一个或多个位点取样深度测序（通常大于1000x）的体细胞突变归类为推定的克隆clusters，同时估算其细胞患病率，并解释由拷贝数变异和正常细胞污染引起的等位基因失衡问题。

分析过程主要分 5 个步骤：