几种在NCBI中查询获取目的基因序列的方法
在NCBI中,如何查询并下载获得某物种的某特定功能的基因序列,相信对于看到此篇的大部分同学来说都不陌生了。想到对于刚开始接触生信的同学们来说,也许尚不能很熟练地在NCBI中查询想要的基因序列,因此在这里简要作了一个总结,希望对初学生信的同学们有所帮助。
此篇博文源于此前有同学问我,提到他导师给他布置任务,查找相关的文献,看相关文献中都报道了哪些细菌物种能够产生聚羟基脂肪酸酯(polyhydroxyalkanoate ,PHA),参与合成该产物的基因都有哪些,然后在NCBI中搜索这些物种的与PHA合成相关的基因序列并比较同源序列间的进化关系。
于是当时给同学整理了一些方法以供参考,今天突然想到,就把之前做的总结修改了一下,在此处与大家分享。以下示例就展示如何在NCBI中查询得到巨大芽胞杆菌(Bacillus megaterium)这个物种中与聚羟基脂肪酸酯(polyhydroxyalkanoate ,PHA)合成相关的基因。
此处共介绍3种方法:
(1)在NCBI的核酸(或蛋白)数据库中查询;
(2)借助基因组注释文件,在全基因组序列中获得(包含两种方式,过程不同但结果一致);
(3)通过blast查找获得(又分为在线blast和本地blast)。
已将下述内容简要整理为PPT文档,已上传至百度盘(若失效请在下方留言)。
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