Pymol use

最新推荐文章于 2023-12-22 14:00:45 发布
最新推荐文章于 2023-12-22 14:00:45 发布
阅读量35 收藏
点赞数
分类专栏： Goldbioinformatics 文章标签： ipython
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/qq_25392465/article/details/132109399
版权
这篇博客介绍了如何在Pymol中选择高亮区域的蛋白质序列，并强调了保存为.pse文件以便于后续打开的重要性。通过示例，解释了如何确保选择正确，以及在执行'Selector: selection "my_selection" defined with XXX atoms'命令后，得到正确的结果反馈。
摘要由CSDN通过智能技术生成

select

For two or more pdb to hight region protein seq.

select my_selection, yourpdbname and resi 3-40
color yellow, my_selection

only to save to .pse for pymol open.
it is import to give some result after your command ‘’ Selector: selection “my_selection” defined with XXX atoms" so that is right.

Goldbioinformatics
关注
  • 0
    点赞
  • 踩
  • 0
    收藏
    觉得还不错? 一键收藏
  • 0
    评论
专栏目录
pymol安装
wlzhang123的博客
07-22 1万+
事情经常变化，首先参考 https://pymolwiki.org/index.php/Windows_Install Open-Source PyMOL is available free of charge. It also allows sponsors to create highly customized PyMOL installations which might not be ...
Pymol操作命令
Qiankun Wang的博客
10-11 1万+
基本命令（也可使用鼠标操作，但不如命令来得简单） pwd          # show current directory dir        
关于MacOS PyMol使用问题
weixin_45725149的博客
03-23 4382
由于目前PyMol程序已经被Schrödingerg公司给收购了。因此想要使用最新版本的PyMol基本上是需要付费的。但是PyMol最开始是由Warren Lyford DeLano 开发的，在其生前一直坚持开源。所以在PyMol 2.1版本之前的是可以从SourceForge下载到的。但是后面更新的版本都转移到了GitHub。GitHub - schrodinger/pymol-open-source: Open-source foundation of the user-sponsore...
20230307 Mac M1 install open-source pymol-安装开源版本pymol
Julse的博客
03-07 2927
运行以下命令即可 实际会遇到的问题：下载错误 许多包都难以下载成功，报以下错误 解决：修改hosts文件，追加DNS 即使修改了hosts，也会下载失败，多下载几次可以成功 ip可以在https://www.ipaddress.com 查询在控制台中输入pymol即可启动 https://blog.csdn.net/weixin_45725149/article/details/123698134 覆盖 删掉dmg 成功，缺陷就是只能从控制台启动pymolhttps://zhuanlan.zhihu.
Pymol指令大全。官方社区——海量Pymol作图的代码
LRJ的博客
04-28 2482
Gallery - PyMOLWikihttps://pymolwiki.org/index.php/Gallery美观的PyMOL生成的图像及其脚本。（需要科学上网） 这个官方社区网站聚集了大量大佬以及他们的pymol脚本。使用pymol的脚本作图会更方便！ 赶紧去玩玩。 pymol 选择对接的分子5A 范围内的氨基酸残基 图形界面选中配体，action - modify - around 5A residues 9pc是4dxd这个蛋白质晶体中的配体,以9pc为中心，在4dxd这个蛋.
pymol 知道多少？pymol技巧汇总
热门推荐
rogerzhanglijie的专栏
01-06 2万+
基本命令（也可使用鼠标操作，但不如命令来得简单） pwd          # show current directory dir          # list file in the current directory cd directory #change directory  load xxx                #注意要打上扩展名，例如1LMK.pdb，否则会e
python高阶教程译文_高级教程 — PyMOL中文教程 2020.09 文档
weixin_39516865的博客
12-21 1606
PyMOL脚本、命令、插件¶PyMOL支持Python 编程语言，故可以借助python让pymol无所不能，pymol除了显示软件，也能成为计算软件。脚本：把pymol作为一个模块，实现一些计算功能。命令：pymol中内置了一些命令，如color、dist等，我们也可以自定义新的命令。插件：pymol中内置了一些插件，如apbs-pdb2pqr等，我们也可以自定义插件。注解编写PyMOL脚本、命...
用PyMOL制作分子结构图像及所用脚本
stereohomology
03-11 8466
信息来源 Cool PyMOL-generated Images and their Scripts. Making animations and images with PyMOL PyMol is one of the best open source software for visualizing the bio-molecules. Still many computational c
安装开源版pymol、MPEG encoder missing.The FreeMOL add-ons may not be installed.Encoder ‘ffmpeg‘ is not
2303_78851018的博客
12-22 729
在跟随其他大佬的帖子下载开源版pymol的时候，发现了anaconda版本和pymol版本不兼容的情况，最新的anaconda版本conda下载pymol-2.4.0-cp38-cp38-win_amd64.whl之后，显示出的pymol窗口是这样怪异的版本，命令窗口和图形窗口可以分开，看分子都是正常的，但是导出动画视频的编码器出现了问题（如下图3.、4）详细下载过程是：进到你想下载pymol的文件夹，打开cmd或者powershell可以试一下。
84392507_use_
10-04
In this paper Genetic Algorithm (GA)is used as an evolutionary tecthniques for the optimal placement of flexible AC transmission systems(FACTS) devices in an interconnected power system.
OperaSetup_use_
10-02
Opera Inernet browser to download
6001_use_
09-29
A prospective application of applying an adaptivecontroller to a Static Var Compensator (SVC) to damp powersystem oscillations and enhance system stability is presented inthis paper.
Desktop_use_
09-29
I am Muhammad Saad Khadim. I bam a student of UET Lahore and a formal student of UET Taxila. This assignment was submitted in UET Taxila for my core subject Organizational Behavior.
JAVA Use Case
05-15
Java use case in an enterprise b2b environment
爬虫002_python程序的终端运行_文件运行_ipython的使用---python工作笔记020
添柴程序猿的专栏
07-25 791
然后我们再看如何运行.py文件,可以看到,直接python cmd窗口中,然后加上文件路径就可以了.看一下终端中运行,直接输入python进入python环境,然后写python代码。然后使用pip install ipython可以安装ipython。然后直接cmd中,python 然后写上py文件的路径就可以了。用python运行一个文件,就是要写一个.py结尾的文件。然后再去写代码可以看到有行数和高亮提示舒服点。安装以后ipython运行ipython。也可以用ctrl+z也是可以的。
ssm_018_mysql_多平台大学生创新团队管理系统_.zip
最新发布
08-08
大学生作为社会向前发展的源动力，必须与知识经济时代发展要求相适应，具有较强的创新能力。而未来社会迫切需要的是具有创新创业能力的人才。高素质人才应具有独立生存的自信心、不断创新的进取心、广泛关怀的责任心；具有对环境的适应能力、对文化的整合能力、为理想而奋斗的实践能力。大学生应该通过坚持知识能力素质的辩证统一，突出创新能力的培养，努力提高实践能力，加强心理素质的锻炼促进独立创业思想的培养。因此，开发这款大学生创新团队管理系统是至关重要的。 根据需求，确定系统采用JSP技术，JAVA作为编程语言，MySQL作为数据库。整个系统要操作方便、易于维护、灵活实用。主要实现了频道维护、资源维护、交流中心、日志维护、系统管理等功能。
[毕业设计]学生成绩在线查询系统(PHP+MySQL)(源代码+论文).zip
08-08
[毕业设计]学生成绩在线查询系统(PHP+MySQL)(源代码+论文)
matlab Q学习仿真_rezip1【含Matlab源码】【Matlab精品】..zip
08-08
matlab Q学习仿真_rezip1【含Matlab源码】【Matlab精品】.
pymol ffmpeg
09-03
To use FFMPEG with Pymol, you would typically export a series of Pymol images as image files (e.g., PNG or JPG), and then use FFMPEG to combine these images into a video file. Here's an example ...
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值