mne-hcp

  1. hcp 数据格式整理
    文件夹:4D,tw1,unprocessed
  2. 文件映射,处理成mne-hcp可以使用的文件组织格式:
import os.path as op
import hcp

#文件映射:将下载的文件映射为mne-hcp可以使用的文件
storage_dir = op.expanduser('D:/data_hcp')#~/data/MNE-HCP
hcp.make_mne_anatomy(
   '104012', subjects_dir=storage_dir + '/subjects',
   hcp_path=storage_dir + '/HCP',
   recordings_path=storage_dir + '/hcp-meg')

3 说明:由于mne-hcp后期无人维护,导致过高的mne版本可能无法直接适用,因此根据自己使用的mne更改对应的报错函数名称即可
如:mportError: cannot import name ‘_find_topomap_coords’ from ‘mne.viz.topomap’
Replace with from mne.channels.layout import _find_topomap_coords.
mne-hcp is not up to date with the latest versions of MNE.
readby.py:
from mne.io import _loc_to_coil_trans_all as _loc_to_coil_trans
#from mne.io import _loc_to_coil_trans

4.安装:

Installation¶
We recommend the Anaconda Python distribution, which comes with the necessary dependencies. Alternatively, to install mne-hcp, you first need to install its dependencies:

$ pip install numpy matplotlib scipy scikit-learn mne joblib pandas
Then clone the repository:

$ git clone http://github.com/mne-tools/mne-hcp
and finally run setup.py to install the package:

$ cd mne-hcp/
$ python setup.py install
If you do not have admin privileges on the computer, use the --user flag with setup.py.

Alternatively, for a devoloper install based on symbolic links (which simplifies keeping up with code changes), do:

$ cd mne-hcp/
$ python setup.py develop
To check if everything worked fine, you can do:

$ python -c 'import hcp'
and it should not give any error messages.
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