The RcppEigen package provides access from R to the Eigen C++ template library for linear algebra

最新推荐文章于 2024-11-16 00:44:23 发布

sleekguyLGL

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分类专栏： Eigen in C++ used in R 文章标签： r语言 c++ 开发语言

本文链接：https://blog.csdn.net/qq_26304367/article/details/121198650

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本文介绍了如何利用Rcpp和RcppEigen包将R代码与C++的Eigen库相结合，以加速线性代数运算，特别是针对大型矩阵。通过将R代码转换为C++，结合Eigen库的高性能计算，可以显著提高运算效率。以5000*5000矩阵运算为例，展示了R与Eigen运算时间的对比，证明了这种方法的有效性。

摘要由CSDN通过智能技术生成

动机：加速加速加速已有R code中的线性运算，包括矩阵运算；

方法：（1）如果是因为循环次数太多，可采用并行运算的处理方式，具体操作做法可参考Let’s be Faster and more Parallel in R with doParallel package | R-bloggers的做法；但是该方法比较耗CPU和内存；如果内存和CPU足够富有的话，不失为一种不错的选择；

（2）OpenBLAS，MKL等等类似的方法，可参考Faster BLAS in R | Brett Klamer；Quick Linking Intel® MKL BLAS, LAPACK to R等等；（这部分内容有待进一步学习）；

（3）将R code直接用改写成C/C++代码，或者利用Rcpp和RcppEigen将R的便利性与C++中Eigen对矩阵高速运算的优点结合起来，从而达到加速的目的，这也是本文重点介绍的一种方法；

实际操作：（以参考【1】41 Rcpp介绍 | R语言教程中“41.2.3 用sourceCpp()转换C++源文件中的程序”的方法作为链接R和Eigen的做法为例）

step1:创建两个文件，分别是保存C++代码的C++源文件和调用C++源文件的R代码

（1）保存C++代码的C++源文件（比如：MatrixOperationR.cpp）//当时这是本文中的示例文件名而已，你可以命名为你想用的任何名字；

// [[Rcpp::depends(RcppEigen)]]
#include <RcppEigen.h>
#include <Rcpp.h>

using namespace std;
using namespace Eigen;

using Eigen::Map;
using Eigen::MatrixXd;
using Eigen::VectorXd;
using Eigen::Transpose;
using Rcpp::wrap;
using Rcpp::Named;
using Eigen::Lower;
using Eigen::LLT;
using Eigen::HouseholderQR;

// [[Rcpp::export]]
SEXP trans_tX_Cpp(const Eigen::Map<Eigen::MatrixXd> A){