conda基本操作

conda是一个管理版本和Python环境的工具。

        1. 创建删除环境

conda create -n NGS  #python为最新版

conda create --name py35 python=3.5  # 指定python版本

conda remove --name py38 --all

         2. 查看环境

1. conda env list
   
   conda info -e

   3. 克隆环境

   conda create --name B --clone A # B：为新创建的环境名 A：要克隆的环境名

   4. 激活环境和返回主环境

   conda activate NGS
   source activate NGS
   conda deactivate
   
   # shell 脚本中激活，用绝对路径
   source ~/miniconda3/bin/activate NGS

   5. 库的安装和更新

   conda install numpy  #在当前环境安装库
   
   conda install -n py35 numpy #安装库到指定环境
   
   conda update -n py35 numpy  #更新指定环境的库
   
   conda update numpy #更新当前环境的库
   
   conda update conda
   
   conda update python # 假设当前环境是python 3.5, conda会将python升级为3.5.x系列的当前最新版本

   6. 镜像源

   conda config --show-sources #显示镜像源
   
   # 添加镜像源
   conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/ 
   
   conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
   
   conda config --add channels bioconda
   
   conda config --set show_channel_urls yes

   或者直接：

   vim ~/.condarc

   channels:

     - bioconda

     - https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/

     - https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/

     - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/

     - defaults

   show_channel_urls: true

# 删除镜像源

conda config --remove channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/

​​​​​​​7.查看已经安装的库

1. conda list -n py38 # 制定环境py38中已经安装的库
   
   conda list   #  当前环境已经安装的库

   8. 搜索包的信息

   conda search numpy