python生成随机DNA序列代码

本文介绍了使用Python实现的两个函数:getRandomSeq生成指定长度的随机DNA序列,mutateBase对给定碱基进行随机变异。通过random.randint和random.choice等模块,模拟了DNA序列的随机生成和变异过程。
摘要由CSDN通过智能技术生成

import random

def getRandomSeq(seq_len):
    random_seq = ""
    for i in range(seq_len):
        random_int = random.randint(1,4)
        if random_int == 1:
            nucleotide = "A"
        if random_int == 2:
            nucleotide = "C"
        if random_int == 3:
            nucleotide = "G"
        if random_int == 4:
            nucleotide = "T"
        
        random_seq = random_seq + nucleotide
    return random_seq

def mutateBase(base):
    random_int = random.randint(1,4)
    if random_int == 1:
        nucleotide = "A"
    if random_int == 2:
        nucleotide = "C"
    if random_int == 3:
        nucleotide = "G"
    if random_int == 4:
        nucleotide = "T"
    
    #Don't change a base to itself.
    if nucleotide == base:
        return mutateBase(base)  #Fancy recursive loop.
    else:
        return nucleotide
    
    
print(mutateBase('A'))

#seed = 2
#random.seed(seed)
print(getRandomSeq(10))

random_seq = ""
for i in range(10):
    random_seq += random.choice(["A","T","G","C"])
print(random_seq)

random_seq_lst = random.choices(["A","T","G","C"], k=10)
separator = ''  # 定义分隔符
random_seq = separator.join(random_seq_lst)
#random_seq = ''.join(random_seq_lst)
print(random_seq)

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生成随机DNA序列可以使用一阶马尔科夫链,具体步骤如下: 1. 首先,需要统计已知的DNA序列中每个核苷酸(A、T、C、G)出现的概率,作为初始概率分布。可以通过对已知序列进行计数来得到这些概率。 2. 接下来,需要计算转移概率矩阵。对于一阶马尔科夫链,转移概率矩阵是一个 4x4 的矩阵,其中每个元素表示从一个核苷酸转移到另一个核苷酸的概率。可以通过对已知序列进行计数来得到这些概率。 3. 生成随机序列的过程就是根据初始概率分布和转移概率矩阵,按照马尔科夫链的规则进行随机生成。具体地,从初始概率分布中随机选择一个核苷酸作为序列的第一个字符,然后根据转移概率矩阵,随机选择下一个核苷酸作为序列的第二个字符。依此类推,直到序列的长度达到预设值为止。 下面是一个示例代码,可以生成长度为 n 的随机DNA序列: ```python import random import numpy as np # 预处理 seq = "ATCG" # 核苷酸序列 n = 1000 # 序列长度 data = "" # 存储已知序列数据 for i in range(n): data += random.choice(seq) # 随机生成已知序列数据 # 计算初始概率分布 init_probs = [data.count(s) / n for s in seq] # 计算转移概率矩阵 trans_probs = np.zeros((4, 4)) for i in range(n - 1): s1, s2 = data[i:i+2] trans_probs[seq.index(s1), seq.index(s2)] += 1 trans_probs /= np.sum(trans_probs, axis=1, keepdims=True) # 生成随机序列 result = "" s = random.choices(seq, weights=init_probs)[0] result += s for i in range(n - 1): probs = trans_probs[seq.index(s), :] s = random.choices(seq, weights=probs)[0] result += s print(result) ``` 这段代码首先生成了长度为 n 的随机已知序列数据,然后根据已知序列数据计算初始概率分布和转移概率矩阵。最后,根据初始概率分布和转移概率矩阵,按照马尔科夫链的规则生成随机DNA序列
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