c++查找DNA重复序列和重复次数

本文介绍了一个C++函数`findRepeatedSequences`,用于在给定字符串中查找并计算长度大于或等于`minSeqLength`的重复子序列及其出现次数,然后在`main`函数中演示了如何使用该函数。
摘要由CSDN通过智能技术生成

#include <iostream>
#include <string>
#include <map>

std::map<std::string, int> findRepeatedSequences(const std::string& str, int minSeqLength) {
    std::map<std::string, int> repeatedSequences;

    for (size_t i = 0; i < str.length(); ++i) {
        for (int length = minSeqLength; length <= str.length() - i; ++length) {
            std::string subSequence = str.substr(i, length);
            ++repeatedSequences[subSequence];
        }
    }

    // 去除重复的子序列
    for (auto it = repeatedSequences.begin(); it != repeatedSequences.end();) {
        if (it->second == 1) {
            it = repeatedSequences.erase(it);
        } else {
            ++it;
        }
    }

    return repeatedSequences;
}

int main() {
    std::string sequence = "ATCGATCGATCGATCG";
    int minSeqLength = 2;

    std::map<std::string, int> repeatedSequences = findRepeatedSequences(sequence, minSeqLength);

    // 输出重复序列和重复次数
    std::cout << "重复序列及其重复次数:" << std::endl;
    for (const auto& pair : repeatedSequences) {
        std::cout << "重复序列:" << pair.first << ", 重复次数:" << pair.second << std::endl;
    }

    return 0;
}

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