HHsuite工具介绍以及使用示例代码

最新推荐文章于 2025-02-19 20:53:53 发布
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HHsuite 是一个高敏感度的序列同源性搜索和比对软件包，尤其适用于远程同源性检测。与传统比对工具不同，HHsuite 使用基于隐马尔可夫模型（Hidden Markov Model, HMM）的比对算法。HHsuite 中最常用的两个工具是 HHsearch 和 HHblits。

HHsuite 主要组件

  1. HHblits：快速、敏感的序列比对工具。HHblits 通过构建查询序列的 HMM profile 并与数据库中的 profile 进行比对，适合多重序列比对和检测较远的同源关系。
  2. HHsearch：基于 HMM-HMM 比对的同源性搜索工具。HHsearch 使用预先计算好的 HMM profile，适合结构预测和功能注释。

conda 安装

conda install -c bioconda hhsuite

数据库准备

HHsuite 的数据库通常是 HMM profile 库，如 UniProt、PDB70、Uniclust30。

从https://gwdu111.gwdg.de/~compbiol/uniclust/2018_08/    下载uniclust30、uniclust50、uniclust90数据。

从 Index of /~compbiol/data/hhsuite/databases/hhsuite_dbs 下载pdb数据。

wget https://gwdu111.gwdg.de/~compbiol/uniclust/2018_08/uniclust30_2018_08_hhsuite.tar.gz

wget https://wwwuser.gwdguser.de/~compbiol/data/hhsuite/databases/hhsuit
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