Freesurfer学习笔记——Surface Based Group Analysis 4/13

重新设置工作目录：

export FREESURFER_HOME=/Applications/freesurfer

source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh

export TUTORIAL_DATA=/Applications/freesurfer/tutorial_data

export SUBJECTS_DIR=$TUTORIAL_DATA/buckner_data/tutorial_subjs/group_analysis_tutorial

cd $SUBJECTS_DIR/glm

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This Data Set

本教程使用的数据是兰迪·巴克纳实验室的40名受试者，其中包括18至93岁的男性和女性。分析性别及年龄对皮质厚度的影响。

General Linear Model (GLM) DODS Setup

Design Matrix/FSGD File

在本教程中，我们把皮质厚度建模为一条直线。直线有两个参数：截距（或偏移）和坡度。对于本例：
1.坡度是皮质厚度随年龄的变化。
2.截距/偏移量解释为年龄=0时的皮质厚度。

参数估计也称为“回归系数”或“β”。为了解释性别的影响，我们将对每个性别分别进行建模，这意味着将有四个线性参数：
1.女性的截距
2.男性的截距
3.女性的坡度
4.男性的坡度
在FreeSurfer中，这种类型的设计称为DODS（用于“不同的偏移，不同的坡度”）。

您可以自己直接创建设计矩阵，或者，创建一个简单文本文件-FreeSurfer组描述文件（FSGD）用来指定设计，FreeSurfer将为您自动创建设计矩阵。FSGD文件格式见本页。人口统计页面也有一个用于此数据的示例FSGD文件。

在本教程数据中，已经存在一个FSGD文件（gender_age.fsgd）用于后续练习；您可以在gedit（Linux版）或open -e（Mac版）等文本编辑器中打开。也可以自己创建，有关如何创建/查看文本文件的信息可以在此处找到。

 

Contrasts

对比度是一个向量，它体现了我们想要检验的假设。我们希望在消除性别影响后，测试皮质厚度随年龄的变化。为此，需要创建一个包含以下数字的简单文本文件，FreeSurfer不会自动创建此文件：

0 0 0.5 0.5

注意：
1.对于截距为b、斜率为m的两组之间的分析，对比矩阵的格式为[b1b2 m1m2]。
2.每个参数总有一个值（总共有4个值）。
3.截距/偏移值（b1，b2）为0（干扰）。
4.斜率值（m1，m2）为0.5，以平均女性和男性的斜率。
5.在本教程数据中，已经创建了一个对比度矩阵文件：lh-Avg-thickness-age-Cor.mtx，可以在文本编辑器中打开。这里有许多不同假设的FSGD文件和对比矩阵的示例。
 

Assemble the Data (mris_preproc)

组装数据意味着：
1.将每个对象的数据重新采样到一个公共空间。
2.将所有对象连接到一个文件中。
3.空间平滑（可以在1和2之间进行）。 

Uncached Data

如果您尚未缓存数据，则可以使用以下两个命令。 以下命令仅为不平滑的数据和平滑至10mm FWHM的数据创建输出。

mris_preproc --fsgd gender_age.fsgd \
  --target fsaverage \
  --hemi lh \
  --meas thickness \
  --out lh.gender_age.thickness.00.mgh

注意：

1.这会将每个对象的左半球数据重新采样到f平均。
2.输出为lh.gender_age.thickness.00.mgh，该值不平滑。

mri_surf2surf --hemi lh \
  --s fsaverage \
  --sval lh.gender_age.thickness.00.mgh \
  --fwhm 10 \
  --cortex \
  --tval lh.gender_age.thickness.10.mgh

1.这样可以通过10mm FWHM平滑每个对象的重采样数据。
2.“ --cortex”是指皮质中的平滑区域（不包括内侧壁）。 这是qcache自动完成的， 您还可以指定其他标签。
3.“ --sval”是$ SUBJECTS_DIR中数据对象的名称。 此输入数据必须采样到该对象的表面上。
4.“ --tval”是在目标表面上存储数据的文件的名称。
5.输出为lh.gender_age.thickness.10.mgh。

GLM Analysis (mri_glmfit)

mri_glmfit \
  --y lh.gender_age.thickness.10.mgh \
  --fsgd gender_age.fsgd dods \
  --C lh-Avg-thickness-age-Cor.mtx \
  --surf fsaverage lh \
  --cortex \
  --glmdir lh.gender_age.glmdir

注意：

1.输入为lh.gender_age.thickness.10.mgh。
2.使用与mris_preproc相同的FSGD，保持对象顺序！
3.指定了DODS（默认设置）。
4.仅使用一个对比度（lh-Avg-thickness-age-Cor.mtx），但是您可以指定多个对比度。
5.“ --cortex”指定仅在皮质中进行分析（即，将内侧壁清零），可以使用其他标签。
6.输出目录为lh.gender_age.glmdir。
7.运行过程大概只要一分钟。
8.有关mri_glmfit的更多信息，请单击此处。

完成此命令后，glm目录将包含一个名为lh.gender_age.glmdir的子目录。 此目录以及其他子目录中将有许多输出文件。

ls lh.gender_age.glmdir

您将看到以下文件（说明也包含在下面，但不会显示在终端屏幕上）：

beta.mgh -- all parameter estimates (surface overlay)
dof.dat  -- degrees of freedom (text)
fwhm.dat -- average FWHM of residual (text)
lh-Avg-thickness-age-Cor -- contrast subdirectory
mask.mgh -- binary mask (surface overlay)
mri_glmfit.log -- log file (text, send this with bug reports)
rstd.mgh -- residual standard deviation (surface overlay)
rvar.mgh -- residual variance (surface overlay)
sar1.mgh -- residual spatial AR1  (surface overlay)
surface -- the subject and hemisphere used for this analysis (text)
Xg.dat -- design matrix  (text)
X.mat -- design matrix (MATLAB format)
y.fsgd -- copy of input FSGD file  (text)

您可能还会看到一些临时目录（名称以tmp开头）或日志文件，可以忽略。

注意：

1.自由度是分析的自由度，这个分析对计算p值具有重要意义。
2.FWHM是数据平滑度的度量。 其中一部分来自所应用的平滑处理（例如5mm FWHM），另一部分来自数据固有的平滑度。 校正多个比较时，必须考虑最终的FWHM（这是自动完成的）。

您指定的每种对比都会有一个子目录。 该目录的名称将是对比矩阵文件的名称（不带.mtx扩展名）。 例如，要检查lh-Avg-thickness-age-Cor目录，请运行

ls lh.gender_age.glmdir/lh-Avg-thickness-age-Cor

然后你会看到下面这些文件：

C.dat -- original contrast matrix (text)
cnr.mgh -- contrast-to-noise ratio (surface overlay)
efficiency.dat -- statistical efficiency for the contrast (text)
F.mgh -- F ratio of contrast  (surface overlay)
gamma.mgh -- contrast effect size (surface overlay)
gammavar.mgh --contrast variance (surface overlay)
maxvox.dat -- voxel with the maximum statistic (text)
pcc.mgh -- partial (pearson) correlation coefficient (surface overlay)
sig.mgh -- significance, -log10(pvalue), uncorrected (surface overlay)
z.mgh -- z-stat that corresponds to the significance (surface overlay)

使用freeview查看未校正的重要性图。 首先，请确保您在正确的目录中：

cd $SUBJECTS_DIR/glm

然后，运行以下命令以可视化数据：

freeview -f $SUBJECTS_DIR/fsaverage/surf/lh.inflated:annot=aparc.annot:annot_outline=1:overlay=lh.gender_age.glmdir/lh-Avg-thickness-age-Cor/sig.mgh:overlay_threshold=4,5 -viewport 3d -layout 1

该命令打开左半球充气表面，并以aparc注释显示为轮廓。 显示了年龄与皮质厚度之间的相关性，覆盖层sig.mgh的阈值为4：

  

注意：

1.阈值设置为4，这意味着顶点：未经校正、p <0.0001、具有颜色。此阈值等于-log（p-value）。在这种情况下，任何值小于4的顶点都不会以彩色显示，但是该值仍将在freeview的光标/鼠标部分中可读。

2.较低的阈值设置了体素必须满足才能可见的最低要求。应该将其设置为只能看到可能的真实效果。您可以将其视为过滤器，该过滤器会删除不存在效果的体素。upper最大值仅用于可视化目的。如果将其设置为非常接近最小值，则所有体素将显示为相同的颜色。如果将其设置得更高，则由于效果的强度，会产生一些渐变。因此，最小值可以消除没有效果的体素，最大值可以让您了解效果强度在整个大脑中如何变化。
3.蓝色代表负相关（即厚度随年龄而减少），红色代表正相关（即厚度随年龄而增加）。
4.在此例中，将sig.mgh（通用格式）用作覆盖。但是，如果在分析中创建了pcc.mgh，它也可以用作覆盖。
5.单击Precentral Gyrus中央前回旋中的一个点。它的价值是什么？它意味着什么？

查看内侧表面：单击“ Configure”，将“ overlay”阈值更改为非常非常低的值（例如0.01)：“ Min”值设置为0.01。 单击“Apply”，或选中“Automatically apply changes自动应用更改”复选框。则显示年龄与皮质厚度之间的相关性，阈值为0.01。

注意：

1.现在几乎所有皮质都有颜色。
2.非皮质区域仍为空白（0），因为它们在上面的mri_glmfit中被--cortex排除了。

由mri_glmfit创建的所有表面叠加层，不仅是重要性图，还可以在freeview中进行检查。 只需将上面命令中sig.mgh文件的路径替换为您想要看到的表面覆盖层即可。 例如，这将显示F比率而不是重要性图：

freeview -f $SUBJECTS_DIR/fsaverage/surf/lh.inflated:annot=aparc.annot:annot_outline=1:overlay=lh.gender_age.glmdir/lh-Avg-thickness-age-Cor/F.mgh:overlay_threshold=20,50 -viewport 3d -layout 1

 

Exercise 

使用和上述相同的数据集，分析年龄、性别对皮质厚度的影响，得到性别与皮质厚度之间的相关性

1.在目录$ SUBJECTS_DIR / glm下，设置对比文件为challenge-Cor.mtx，GLM输出目录为glm_challenge

2.使用mkdir glm_challenge命令创建输出目录，并在运行mri_glmfit时使用该目录。

3.不需要更改FSGD文件，因为您使用的是相同的组-无需更改组的描述符。

4.可以使用命令touch Challenge-Cor.mtx创建新的对比度，并使用gedit Challenge-Cor.mtx进行编辑。

5.您需要调整对比度，参考Wiki页面上的以下代码：Two Groups (One Factor/Two Levels), One Covariate

6.无需进行数据预处理，因为更改对比度对此阶段没有任何影响。
7.当您运行mri_glmfit时，您将需要更改读取的对比度和保存的目录。
8.如果您将对比度命名为challenge-Cor.mtx 并将输出目录设置为glm_challenge，则下面的命令将使您检查重要性覆盖范围。

freeview -f $SUBJECTS_DIR/fsaverage/surf/lh.inflated:overlay=glm_challenge/challenge-Cor/sig.mgh:overlay_threshold=4,5 -viewport 3d -layout 1

答案：

cd $SUBJECTS_DIR/glm

touch challenge-Cor.mtx

gedit challenge-Cor.mtx

contrasts should be 1 -1 0 0

mri_glmfit --y lh.gender_age.thickness.10.mgh --fsgd gender_age.fsgd dods --C challenge-Cor.mtx --surf fsaverage lh --cortex --glmdir glm_challenge

freeview -f $SUBJECTS_DIR/fsaverage/surf/lh.inflated:overlay=glm_challenge/challenge-Cor/sig.mgh:overlay_threshold=4,5 -viewport 3d -layout 1

Summary

在本练习结束时，您应该知道如何：

1.创建设计矩阵或FSGD文件
2.创建对比文件
3.通过运行mris_preproc和mri_surf2surf组装数据
4.使用mri_glmfit运行GLM分析
5.使用Freeview可视化分析