FreeSurFer的recon-all处理流——学习记录

于 2024-06-08 12:51:13 发布
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分类专栏： Freesurfer 文章标签： 学习
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版权

官方网址：ReconAllTableStableV6.0 - Free Surfer Wiki

（1）颅骨剥离skullstrip

颅骨剥离后生成文件：/mri/brainmask.mgz

（2）图像配准canorm

Freesurfer图像配准：将 mri/nu.mgz 体积与 FREESURFER_HOME/average 中的默认 GCA 图集对齐；

图像配准后生成文件：/mri/norm.mgz

（3）图像校正normalization2

Freesurfer图像校正：强度标准化（Intensity Normalization）

图像校正后生成文件：/mri/brain.mgz

（4）图像分割segmentation

Freesurfer图像分割：使用强度、邻域和平滑度约束进行白质分割（White Matter Segmentation）。输入为 mri/brain.mgz，输出为 mri/wm.mgz。

图像分割后生成文件：/mri/wm.mgz

KaSuo幻影
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freesurfer如何将组模板投影到个体空间——如投影 Schaefer2018 到个体空间
从事脑科学核磁共振方法学研究，在Nature communications等权威期刊发表研究论文，熟练掌握磁共振处理方法和统计学方法，欢迎大家和我交流。
02-12 1149
freesurfer对结构核磁共振成像分割输出结果介绍具体见：输出结果介绍。
freeesurfer---recon_all--重建
xxx
05-27 581
每次使用前都需要配置环境变量 export FREESURFER_HOME=$Computer/usr/local/freesurfer #freesurfer文件夹位置 export SUBJECT_DIR=$Computer/usr/local/recon #recon预处理文件所在位置 ？ source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh #相当于python中的active-激活 recon-all -s /user/local/rec
基于FreeSurfer的海马亚区分割
cc1609130201的博客
06-08 1661
结构性海马异常在许多神经和精神疾病中很常见，海马测量的变化与认知表现和其他复杂表型（如应激敏感性）有关。随着可用于映射和体积定量的自动化算法的出现，海马亚区域得到了越来越多的研究。在通过ENIGMA联盟的努力下，一些疾病工作组正在使用FreeSurfer软件来分析患有神经和精神病症的患者及匹配对照组的海马亚区域（亚区）体积。在这个概述中，我们解释了算法的原理，总结了测量可靠性研究，并用示例数据演示了两个附加方面（亚区自相关和体积/可靠性相关性）。然后，我们解释了为改进管道协同而对海马亚区分割质量控制（QC）
freesurfer recon-all命令
TODAIZHANG的博客
11-08 2042
1, 过程中可以使用以下命令来调用recon-all函数来进行脑区分割。该命令使用的文件类型为 mgz, nii, nii.gz。当当前的文件格式为其它格式时，可使用命令mri_convert * *.nii来进行格式转换。 2, 该操作是十分耗时的，进行一例nii数据的脑区分割需要8小时左右，具体时间视配置有所改变。在完成分割之后，即可通过可视化软件如FreeView来进行结果查看。这里，我们的目标是使用python来获取各个脑区的Mask，首先，看一下各个脑区对应的索引，该数据保存在$FREESURFE
matlab齿轮代码-freesurfer-recon-all:执行FreeSurfer皮质重建过程的全部或任何部分
06-16
matlab 国家代码 scitran/freesurfer-recon-all 此构建上下文将创建一个构建到 的映像，该映像可以在 内或本地执行 Freesurfer 的 recon recon-all ( v6.0.1 )。 您必须阅读并同意许可协议和 。 获得许可证后，您可以在构建容器之前编辑manifest.json文件以包含许可证详细信息。 没有许可证，代码的执行将失败。 此图像是使用包含的 Matlab MCRv84 构建的。 MCR 需要运行可选的海马子域和脑干结构处理（请参阅 参考资料）。 生成的图像约为 12GB，构建时间约为 15 分钟。 配置选项 用于运行算法（并添加许可证）的配置在manifest.json中定义。 文件中描述了可用的选项及其默认值。 如果您想在本地运行此设备时使用特定选项，您可以修改每个选项的default键，这些键将在本地运行期间使用 - 在使用 Docker 执行时执行。 本地使用示例 此 Gear 设计为在 内运行，但您可以在本地运行此 Gear。 要从此映像运行recon-all ，您可以执行以下操作： # Note that the
2022.5.25 FreeSurfer入门练习：Recon-all
GraceWangWYY的博客
05-26 677
2022.5.25 FreeSurfer入门练习：Recon-all 参考资料：https://andysbrainbook.readthedocs.io/en/latest/FreeSurfer/FS_ShortCourse/FS_03_ReconAll.html FreeSurfer Tutorial #3: Recon-all recon- all指令介绍： 从解剖图像中剥离头骨以生成数据集（brainmask.mgz.）任何作为三维体积输出的文件都存储在名为 mri 的文件夹中。 Recon-al
freesurfer recon-all并行运算parallel
weixin_51192938的博客
10-26 1093
freesurfer recon-all并行运算parallel
freesurfer-linux-centos6_x86_64-7.2.0.tar 之二
09-25
freesurfer自己需要时只能慢吞吞用10+kb的速度下载，文件5个G，要下载3天半，非常费时，故上传资源，需要可自行下载。因为每次上传不能超过1G，所以分了几个帖子。第二节。
recon-all-v7.1.1-parallel-patch:这是一个修补程序的修补程序，它消除了两个地方的并行性，以消除有时会导致失败的竞争条件。
04-02
recon-all-v7.1.1-parallel-patch 这是 （2020年7月27日）中所有内容的修补程序，该版本在两个地方删除了并行性，以删除有时会导致... 使用以下命令安装： patch /usr/local/freesurfer/bin/recon-all parallel.patch
K-Surfer:KNIME扩展，用于管理和分析FreeSurfer数据-开源
04-25
K-Surfer是KNIME的一种新颖独特的软件插件，用于管理和分析FreeSurfer大脑dMRI数据。 K-Surfer由一组KNIME节点组成，这些节点执行多项任务，例如，导入从TRACULA生成的扩散数据，导入从神经图像的分割和重建中获得的...
使用freesurfer来划分脑区
12-08
有关脑区划分的文章，使用该文章可以为我们提供很好的思路
freesurfer-linux-centos6_x86_64-7.2.0.tar
09-25
freesurfer自己需要时只能慢吞吞用10+kb的速度下载，文件5个G，要下载3天半，非常费时，故上传资源，需要可自行下载。因为每次上传不能超过1G，所以分了几个帖子。
recon-all 指令帮助手册【freesurfer】
qimo601的专栏
11-14 6811
Name recon-all : Performs all, or any part of, the FreeSurfer cortical reconstruction process.   Synopsis recon-all -subjid subjid [Directive]   Arguments Note: arguments ar...
Freesurfer recon-all命令详解及使用示例
handsofgod的博客
06-28 7274
本文详细说明了freesurfer软件工具中recon-all命令的具体步骤，并解释了每一步的作用，方便在对MRI图像进行预处理时对每一步有详细的理解。同时也可以根据各个步骤自定义处理流程。
freesurfer reconall结果文件介绍
KaSuo幻影的博客
08-24 1652
freeview -v \ good_output/mri/T1.mgz \ good_output/mri/wm.mgz \ good_output/mri/brainmask.mgz \ good_output/mri/aseg.mgz:colormap=lut:opacity=0.2 \ -f good_output/surf/lh.white:edgecolor=blue \ good_output/surf/lh.pial:edgecolor=red \ good_output/surf/rh..
freesurfer全过程梳理
最新发布
weixin_44492471的博客
03-13 2554
free surfer这一软件要解决的问题是，在3D体素空间，有些体素同时包含了两个或者两个以上的成分。例如同时包含灰质和白质，我们无法确定哪一个成分的贡献更大。为了解决这一问题，freesurfer采取的解决方案是将3D空间转化为2D表面积空间，划分灰质和白质的边界。freesurfer的核心命令是recon-all，今天我们来详细了解一下这一命令实现了哪些操作-----recon-all是一个重建表面积的过程，包含了freesurfer的全部预处理过程。
freesurfer批处理
xxx
05-27 630
1.Linux系统安装parallel： wget https://ftp.gnu.org/gnu/parallel/parallel-20210822.tar.bz2 tar jxvf parallel-20210822.tar.bz2 cd parallel-20210822 ./configure make -j 4 make install 2.ls *.nii | parallel --jobs 8 recon-all -s {.} -i {} -all -qcache #并行处
freesurfer 基于官方教学数据处理流程
drwyan的博客
12-02 587
src是source缩写，指需要读入的源文件，后面接“.”（表示当前路径）或完整路径。7. cd到DICOM文件夹，-i表述输入T1像的任意一个I0文件，-s表示命名。程序运行后可见在export输出目录/home/userroot/MRI_test/test1202/Subj001生成了mri、surf、stats等文件夹，这一步根据电脑配置不同会耗时数小时或几十个小时。2. 本路径为 /home/userroot/MRI_test/tutorial_data_20190918_1558。
freesurfer recon-all
03-16
freesurfer recon-all是一种用于进行大脑皮层重建和分析的软件工具。它可以从MRI扫描图像中提取出大脑皮层的形态学特征，并生成三维的皮层模型。这个过程包括了多个步骤，如图像预处理、皮层分割、皮层厚度测量、皮层表面重建等。freesurfer recon-all是一个广泛应用于神经科学研究和临床诊断的工具，可以帮助研究人员和医生更好地理解大脑结构和功能。
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