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Freesurfer
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KaSuo幻影
不回复的原因是你的问题我不会,对不起
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FreeSurFer的recon-all处理流——学习记录
输入为 mri/brain.mgz,输出为 mri/wm.mgz。Freesurfer图像配准:将 mri/nu.mgz 体积与 FREESURFER_HOME/average 中的默认 GCA 图集对齐;Freesurfer图像校正:强度标准化(Intensity Normalization)颅骨剥离后生成文件:/mri/brainmask.mgz。图像校正后生成文件:/mri/brain.mgz。图像配准后生成文件:/mri/norm.mgz。图像分割后生成文件:/mri/wm.mgz。原创 2024-06-08 12:51:13 · 200 阅读 · 0 评论 -
Freesurfer_T1_组分析-02(可视化)
Freesurfer_T1_组分析de结果可视化操作流程... ...原创 2022-04-19 18:01:55 · 1415 阅读 · 7 评论 -
Freesurfer 合并
Freesurfer合并原创 2022-01-04 14:38:30 · 851 阅读 · 2 评论 -
Freesurfer_T1_组分析-01(完美版)
Freesurfer做T1模态的组分析,也就是不同类型的数据之间的对比... ...原创 2021-12-22 19:34:53 · 3088 阅读 · 17 评论 -
曾经迷惑的事
1.brain extraction 和 skull stripping 是一回事。2.原创 2021-08-24 11:19:55 · 246 阅读 · 0 评论 -
freesurfer reconall结果文件介绍
freeview -v \good_output/mri/T1.mgz \good_output/mri/wm.mgz \good_output/mri/brainmask.mgz \good_output/mri/aseg.mgz:colormap=lut:opacity=0.2 \-f good_output/surf/lh.white:edgecolor=blue \good_output/surf/lh.pial:edgecolor=red \good_output/surf/rh..原创 2021-08-24 11:16:05 · 1598 阅读 · 0 评论 -
T1数据的分析处理
数据:公开数据集HCP_Life_Span的27个T1w_unpro_norm数据,人口信息表如下:1. T1处理流recon-all想要并行处理,参考:https://andysbrainbook.readthedocs.io/en/latest/FreeSurfer/FS_ShortCourse/FS_04_ReconAllParallel.html先查看我的Mac电脑的逻辑CPU有多少(如下图所示,我的电脑有8个)您可能需要安装一个Xcode,一个Homebrew,接着您就原创 2021-07-02 11:50:30 · 976 阅读 · 2 评论 -
pet 组分析
If you are not using PVC, you can use the template.reg.lta to sample the PET volume onto the surface using mri_vol2surf, then apply standard surface-based analysis.我理解现在得到的gtm.nii.gz是体积数据。gtm.nii.gz is a nifti file with each "voxel" being an ROI. Th.原创 2021-05-29 21:51:07 · 906 阅读 · 1 评论 -
白质纤维束重建
本节所采用命令为trac-all,全部内容在这里:https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/trac-all设置工作目录:export SUBJECTS_DIR=$TUTORIAL_DATA/diffusion_reconscd $TUTORIAL_DATA/diffusion_tutorial## bashexport FREESURFER_HOME=/path/to/freesurfersource $FREESURFER_HOME/Set.原创 2021-05-17 10:21:30 · 726 阅读 · 0 评论 -
Longitudinal Statistics 纵向统计分析
在这之前的准备工作:用freesurfer的纵向处理流处理您的数据——http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/LongitudinalProcessing本文主要是讲统计分析方法:本文官方教程链接:http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/LongitudinalStatistics纵向数据比横截面数据(横截面数据就是我们用recon-all处理过的数据)更复杂,因为每个对象内的重复测量值相关(因为纵向数据是对一个对象原创 2021-01-27 20:55:50 · 6206 阅读 · 1 评论 -
Freesurfer并行处理数据parallel
通常我们用freesurfer处理一个数据所用时间需要6个多小时,但实际上电脑的CPU并没有被充分的利用,freesurfer处理一个数据一般只需要一个逻辑内核,所以如果您有10个逻辑内核,可以同时并行处理10个数据,让电脑的利用率达到最大,同样的时间内之前6个小时只处理一个数据,现在可以在6个小时处理10个数据。mac查看电脑的物理CPU和逻辑CPU:sysctl hw.physicalcpu hw.logicalcpu您应该得到类似这样的结果:hw.physicalcpu: 4hw翻译 2021-01-22 11:29:07 · 3448 阅读 · 4 评论 -
Freesurfer皮质分割采用的数据集Cortical Parcellation
Cortical Parcellation官网原文链接:http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/CorticalParcellationDesikan-Killiany atlas ?h.aparc.annotDestrieux atlas ?h.aparc.a2009s.annotFreesurfer中mris_ca_trainandmris_ca_label程序可以通过一个手动标记的训练集估计概率信息来...原创 2021-01-09 17:33:36 · 7304 阅读 · 19 评论 -
Enigma - Structural image processing protocol (结构图像处理协议协议)
ENIGMA工具箱提供了一个平台,协调ENIGMA Working Groups内部和之间的分析方法,从而实现了跨多种疾病的meta-和mega-分析病例对照比较,并且提供皮质和皮质下数据投影到surface的可视化展示。原创 2020-10-21 18:30:39 · 962 阅读 · 0 评论 -
Freesurfer学习笔记——TRACULA tutorial(3) 11/13
TRACULA Outputsexport SUBJECTS_DIR=$TUTORIAL_DATA/diffusion_reconscd $TUTORIAL_DATA/diffusion_tutorialOutputs from quality assessment扩散MRI对比旨在检测水分子的微观运动。 不幸的是,这使得弥散MRI对头部运动特别敏感。 头部运动不仅会导致连续DWI之间的不对齐,可以通过将DWI相互注册来纠正。 它还可以更改DWI的强度,并且无法通过注册进行更正。 TRACU原创 2020-07-20 19:16:34 · 692 阅读 · 0 评论 -
Freesurfer学习笔记——TRACULA tutorial(2) 11/13
Running TRACULAexport SUBJECTS_DIR=$TUTORIAL_DATA/diffusion_reconscd $TUTORIAL_DATA/diffusion_tutorial## bashexport FREESURFER_HOME=/path/to/freesurfersource $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.shexport TUTORIAL_DATA=<path_to_your_tutorial_data&g原创 2020-07-13 19:54:49 · 548 阅读 · 0 评论 -
Freesurfer学习笔记——TRACULA tutorial 11/13
TRACULA tutorial轨迹教程本教程将引导您完成运行TRACULA(受底层解剖约束的轨迹)的必要步骤。 您将学习如何设置配置文件,如何运行分析以及如何查看结果。Preparations## bashexport FREESURFER_HOME=/path/to/freesurfersource $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.shexport TUTORIAL_DATA=<path_to_your_tutorial_data>ex原创 2020-07-06 17:37:56 · 1093 阅读 · 0 评论 -
Freesurfer学习笔记——Longitudinal Tutorial 9/13
1. Preparationsexport FREESURFER_HOME=/Applications/freesurfersource $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.shexport TUTORIAL_DATA=/Applications/freesurfer/tutorial_dataexport SUBJECTS_DIR=$TUTORIAL_DATA/long-tutorialcd $SUBJECTS_DIR2. Longitudinal Imag原创 2020-06-22 20:09:16 · 4675 阅读 · 1 评论 -
Freesurfer学习笔记——Multimodal Integration(3 Diffusion and DTI Integration) 8/13
Diffusion and DTI Integration原创 2020-05-29 10:31:02 · 1841 阅读 · 2 评论 -
Freesurfer学习笔记——Multimodal Integration(2.2 Surface-based Group fMRI Analysis ) 8/13
本节目的:使用小组分析中多个对象的数据来执行fMRI集成数据:功能生物医学信息学研究网络Functional Biomedical Informatics Research Network(fBIRN)。1. fMRI Basics受试者受到刺激后,在功能磁共振成像fMRI中,大脑的某些区域诱发BOLD血液动力学反应功能(HRF)。 首先通过使用运动校正执行分析,然后将每个体素的时程与刺激时间表(与假设的HRF形状进行卷积)相关联。 结果是对每个体素上每个条件的HRF振幅的估计,各种条件的HRF原创 2020-05-29 10:22:27 · 1616 阅读 · 1 评论 -
Freesurfer学习笔记——Multimodal Integration(2.1 Individual fMRI Integration ) 8/13
本教程的目的是通过与来自单个受试者的数据进行交互,使您熟悉在FreeSurfer中执行fMRI集成所需的概念。 本教程利用了功能生物医学信息学研究网络Functional Biomedical Informatics Research Network(fBIRN)的数据。1. fMRI Basics在功能磁共振成像中,刺激被呈现给受试者,从而在大脑的某些区域诱发BOLD血液动力学反应功能(HRF)。 首先通过使用运动校正执行分析,然后将每个体素的时程与刺激时间表(与假设的HRF形状进行卷积)相关联。原创 2020-05-28 11:35:26 · 1818 阅读 · 1 评论 -
Freesurfer学习笔记——Multimodal Integration(1.Multimodal Registration ) 8/13
本节分为三个部分:1.Multimodal Registration 多模态注册2.Individual fMRI Integration 个体发MRI整合Surface-based Group fMRI Analysis 基于表面的组发MRI分析3.Diffusion and DTI Integration 扩散与DTI整合-----------------...原创 2020-05-23 19:22:25 · 1296 阅读 · 1 评论 -
Freesurfer学习笔记——Anatomical ROI analysis 7/13
1. Preparations本教程简要介绍解剖ROI分析,包括了解FreeSurfer标签文件,从标签文件中提取ROI度量以及创建个人和组统计文件以进行进一步分析。<source_freesurfer>export TUTORIAL_DATA=<path_to_your_tutorial_data>export SUBJECTS_DIR=$TUTORIAL_DATA/buckner_data/tutorial_subjs/group_analysis_tutorial原创 2020-05-18 19:54:41 · 9212 阅读 · 1 评论 -
Freesurfer学习笔记——Surface Group Analysis with Qdec 6/13
设置工作空间:## bash<source_freesurfer>export TUTORIAL_DATA=<path_to_your_tutorial_data>export SUBJECTS_DIR=$TUTORIAL_DATA/buckner_data/tutorial_subjs/group_analysis_tutorialcd $SUBJECTS_DIR## tcshsource $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.csh原创 2020-05-08 21:12:38 · 4185 阅读 · 1 评论 -
Freesurfer学习笔记——Clusterwise Correction for Multiple Comparisons (Permutation) 5/13
多重比较的聚类校正(排列)原创 2020-05-07 14:41:03 · 1812 阅读 · 1 评论 -
Freesurfer学习笔记——Surface Based Group Analysis 4/13
export FREESURFER_HOME=/Applications/freesurfersource $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.shexport TUTORIAL_DATA=/Applications/freesurfer/tutorial_dataexport SUBJECTS_DIR=$TUTORIAL_DATA/buckner_dat...原创 2020-04-27 20:08:52 · 3414 阅读 · 8 评论 -
Freesurfer学习笔记——Segmentations3.6
Segmentations分割,就是把不同value的体素分派到不同的结构中。可以在lookup table中查到相应的结构,同时可以在color table中查到他们相应的颜色。Loading加载brainmask or T1 volume之后,可以通过加载按钮加载一个分割的volume,点击黄色文件夹,在mri文件夹中选择所需的文件,打开;刚加载完成,分割的volume会覆盖在br...原创 2020-04-23 19:38:01 · 1584 阅读 · 0 评论 -
Freesurfer学习笔记——Using Control Points to Fix Intensity Normalization3.5
当无法确定白质的强度时,强度归一化步骤可能会产生错误,导致白质分割错误。通过在白质volume中手动添加控制点,使其标准化为强度110,可以修正此类型错误。Freeview中在Cursor和Mouse框里brainmask和T1旁的值为强度。Manually Selecting Control Pointscp_before是一个需要添加控制点使体素包含在wm.mgz中的例子,coro...原创 2020-04-23 16:19:41 · 525 阅读 · 1 评论 -
Freesurfer学习笔记——Fixing a bad skull strip3.4
颅骨剥离后,可能发生的两个错误:1.错误滴去除了一部分皮质或小脑 2.颅骨没有剥离干净。但是如果颅骨没有剥离干净的部分不影响pial or white surface ,则不认为是错误。解决方法:1.手动编辑volumes 2.调整颅骨剥离步骤中mri_watershed的输入参数,再次运行(相对简单)。例子Skullstrip_Before中皮质的posterior regions后部区...原创 2020-04-22 17:11:00 · 1260 阅读 · 3 评论 -
Freesurfer学习笔记——Correcting topological defects (white surface error)3.3
Correcting topological defects纠正拓扑缺陷运行recon-all的自动拓扑修复程序失败时,会导致白质(WM)表面(黄线)排除一些白质体素。 此时,需要对wm.mgz进行编辑。Editing the Volumetopo_defect_before是一个拓扑缺陷的例子:freeview -v topo_defect_before/mri/brainma...原创 2020-04-20 19:57:21 · 667 阅读 · 5 评论 -
Freesurfer学习笔记——Making Edits to the White Matter3.2
Geometric inaccuracy due to white matter hypointensitywm1_edits_before是一个体素为白质却未被包含在wm.mgz volume内的例子,原因是因为白质组织的强度过低导致的。freeview -v wm1_edits_before/mri/brainmask.mgz \wm1_edits_before/mri/wm.mg...原创 2020-04-09 14:34:40 · 385 阅读 · 0 评论 -
Freesurfer学习笔记——Correcting Pial Surfaces 3.1
pial surface 的形成:white surface 扩张后会紧贴brainmask.mgz中灰质和脑脊液的强度梯度Editing the Volumefreeview -v pial_edits_before/mri/T1.mgz \pial_edits_before/mri/brainmask.mgz \-f pial_edits_before/surf/lh.white...原创 2020-04-06 21:52:08 · 1236 阅读 · 0 评论 -
Freesurfer学习笔记——Troubleshooting your output(输出故障排除)3/13
准备工作:## bashexport FREESURFER_HOME=/path/to/freesurfersource $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.shexport TUTORIAL_DATA=<path_to_your_tutorial_data>export SUBJECTS_DIR=$TUTORIAL_DATA/buckner...原创 2020-04-06 12:20:52 · 1022 阅读 · 1 评论 -
Freesurfer学习笔记——Practice Working with Data
Finding the correct input for the FreeSurfer pipelinecd TUTORIAL_DATA/practice_with_data/dicoms //进入到dicoms数据文件夹中dcmunpack -help ...原创 2020-04-05 20:37:12 · 1178 阅读 · 0 评论 -
Freesurfer学习笔记——Introduction to Freesurfer Output(输出简介)-练习题
Exercise 11.Open the subject’s aparc+aseg.mgz volume with a colormap of “lut”.首先可以在数据文件夹中找到aparc+aseg.mgz路径:tutorial_data_20190918_1558/buckner_data/tutorial_subjs/group_analysis_tutorial/004/mr...原创 2020-04-02 20:02:20 · 1222 阅读 · 2 评论 -
Freesurfer学习笔记——Introduction to Freesurfer Output(输出简介)
先看看通过freesurfer我们得到的输出是什么样子的,做到胸中插竹子。Preparations(准备工作):下载数据集,设置环境export TUTORIAL_DATA=<path_to_your_tutorial_data> //导入环境,设置你的数据集解压后的文件夹路径:TUTORIAL_DATAexport SUBJECTS_DIR=$...原创 2020-03-25 19:04:51 · 6575 阅读 · 4 评论 -
Freesurfer学习笔记——安装及验证
Freesurfer官网:http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/FreeSurferWikiFreesurfer安装及验证是否成功:http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/DownloadAndInstallFreesurfer使用教程:http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/...原创 2020-03-25 14:14:47 · 2650 阅读 · 0 评论