生物医学信息学博客

欢迎大家来和我交朋友，可以加我微信lygwangyp，备注下自己的研究方向即可，博文里遇到问题最好自己查找资料，当然也可以加微信付费咨询

12月 11月 09月 08月 07月 06月 05月 04月 02月

原创 R包安装的各种方法

经过整整两天的R包安装，终于体会到R包安装的复杂（特别是装一个老版本的R包）如果是单纯地想重现文献的结果，那么切记选用sessionInfo()里面的一模一样R语言版本，因为不同版本的package会有许多差别。1、安装好相同版本的R语言2、自动装包首先是用install.packages()安装CRAN上面的包，以及bioc()安装bioconductor上面的包注意，此时就

2017-07-27 16:27:01 4922

原创 Chip-seq数据寻找Indel

背景介绍：癌症病人基因组内有许许多多的Indel，这些Indel与发病机制有着密切关系，而通常的做法是对癌症病人进行基因组测序或者外显子测序，找出相关Indel。而Chip-seq数据可以找出Enhancer，对Chip-seq数据进行处理，可以将Indel与Enhancer进行结合分析方法介绍：简单地说，就是follow最近的高分文章《Small genomic insertio

2017-07-26 20:48:01 1917

原创如何从NCBI下载SRA数据

经常需要在GEO中下载测序数据原始文件，得到sra编号之后，有两种方法下载：一、可以通过在ebi（http://www.ebi.ac.uk/）中搜索SRA编号，然后用aspera直接下载fastq文件，详情参考本博客《Chip-seq流程报告》二、然而有的数据在ebi上并没有提供fastq文件，这个时候就只能下载SRA文件，然后用sratoolkit中的fastq-dump进行转换后文

2017-07-26 12:34:20 28399 4

大多数RNA-seq都是研究不同条件下细胞内mRNA变化。除了基因的编码区（CDS）可以转录成mRNA，基因组上的其他区域也能不同程度地转录，Enhancer可以产生短的且不稳定的RNA来调控转录，而这种调控的错误会引发多种疾病，传统RNA-seq技术在检测这种不稳定的RNA方面效率很低。而PRO-seq技术就是对传统RNA-seq技术在这方面的改进，它可以富集并且测出刚刚被RNA聚合酶转录出来的新生RNA

2017-07-02 17:16:39 7297 3

原创 RNA-seq与miRNA-seq联合分析

对于RNA-seq和miRNA-seq数据，使用DESeq2的负二项分布模型，筛选差异表达基因和miRNA，由于数据来源样本一致，进而使用MAGIA在线平台进行联合分析。

2017-07-02 16:54:54 20328 10

原创基因芯片数据分析

前言...2实验概述...2实验流程...2数据下载...2数据输入...3质量控制...4背景校正、标准化和汇总...6提取表达矩阵...7选取差异表达基因...7聚类分析及可视化...7差异表达基因GO注释...10K邻近分类器...10SVM分类...12留一法检验-K邻近分类器...14留一法检验-svm..15SVM-RFE.1...

2017-07-02 16:17:34 44571 19

微信小游戏大小猜猜看python自动化答题

微信小游戏大小猜猜看python自动化答题小程序，可以根据使用说明，进行配置和安装，然后一键答题。在微信小程序里搜索“大小猜猜看”，即可找到该游戏。游戏的目标比拼计算能力，找出谁大谁小，一共有40题，全部答对即挑战成功。一开始答题时间充足，数字也比较简单，后面就需要特别快的计算速度。

2020-04-04

FSL安装及尾状核分割.docx

Windows10安装 windowssubsystemForLinux，然后在windows中的Linux安装FSL

2019-10-09

使用fsl进行MRI脑图像分析

使用fsl进行MRI脑图像分析，安装教程，fsl Course，bet去除颅骨，fslroi选取感兴趣区域，FAST分割+偏置场校正，Partial Volume Segmentation 图像分割结果，fslstats 统计，FIRST 皮层下结构分割及统计分析，Vertex Analysis，Volumetric Analysis，信息汇总

2019-10-09