如何从NCBI下载SRA数据

最新推荐文章于 2024-07-22 21:25:01 发布
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文章标签： Aspera 数据下载 ncbi sra download
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经常需要在GEO中下载测序数据原始文件，得到sra编号之后，有两种方法下载：
一、可以通过在ebi（http://www.ebi.ac.uk/）中搜索SRA编号，然后用aspera直接下载fastq文件，详情参考本博客《Chip-seq流程报告》
二、然而有的数据在ebi上并没有提供fastq文件，这个时候就只能下载SRA文件，然后用sratoolkit中的fastq-dump进行转换
后文将详细介绍第二种方法
1、首先，进入GEO，以GSM2309041这套数据为例，找到需要的sra数据，SRX2159543
2、然后在GEO profile中搜索SRX2159543
点击：如下图所示：

点击Download data




4、右击鼠标，选择“复制下载链接”。


进入Linux下载。
5、

wget ftp://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByExp/sra/SRX/SRX215/SRX2159543/SRR4238252/SRR4238252.sra

或者使用aspera下载（最后那个.表示下载到当前目录）

ascp -QT -l 100M -i ~/asperaweb_id_dsa.openssh anonftp@ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByExp/sra/SRX/SRX215/SRX2159543/SRR4238252/SRR4238252.sra .

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#下载 /media/wh/20T_1/Bama_pig/wangdong/APP/sratoolkit.2.11.1-centos_linux64/bin./prefetch SRR2172038 #转换格式FASTQ /media/wh/20T_1/Bama_pig/wangdong/APP/sratoolkit.2.11.1-centos_linux64/bin/./fastq-dump SRR2172038.sra
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https://www.jianshu.com/p/0694fcb77157
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03-22 4093
避免再次出现下载SRA数据找不到下载链接，记录一下 1，下载sra工具，去官网上下载sratoolkit最新版本https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software，解压安装。 2.然后在NCBI里面搜索SRA，输入所查找的号，比如SRR6040618 3.进入后，点击右上角的Send to，选择File，在下拉页选择...
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获取到了TXV文件后我们需要对内容修改成我们需要的格式，首先文件格式是.TXT 使用EXCEL打开，处理成下图所示的文件。3、第二步使用Notepad++把分号替换成换行，查找模式是扩展，替换为\r\n。点击SRA Run Selector 跳转并获取BioProject。1、打开下载的.TXT文件，图中红色方框中的数据是我们需要的数据。处理号后就可以直接使用aspera批量下载数据。上查询需要下载的list。2、第一步直接替换成空。
sra数据下载linux,NCBI-SRA数据的下载方法
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