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RSS订阅原创 深度思考-关于推理模型的自我感知
推理模型三要素：相关(associations)、干预(interventions)、反事实(counterfactuals)之理解：看到1%、做到3%、想到10%、想不到90%。
2024-02-26 22:13:41
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原创 python与R共用jupyter暂不成功----生信让我痛不欲生，我将与你终老
这个命令会安装 IRkernel 包，这是一个 R 语言的 Jupyter 内核，可以在 Jupyter Notebook 或 JupyterLab 中运行 R 代码。安装完后，输入R，就可以运行R了。在该R环境中，就可以安装相应的R包了。可以在该R环境下安装对应的R包。或者用conda 安装，如安装包。启动之后，就可以用了python，但R环境还不成功。做了下面的还是不行。安装不成功，报错：其中ragg安装也是同样错误。ragg终于安装成功。在R中注册激活R kernel。通过这个命令安装后，在启动。
2023-10-28 13:30:05
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原创 单细胞数据scRNA处理记录
运行结果：(array([ 6, 15]), 21, 10.5, array([0.57142857, 1.42857143]))但是我的数据，是经过log1p变化的，或者其他log(x+1)变化的。可以通过np.expm1()逆变换过来，举例如下。这个计算式来自scanpy包的，方式，是计算细胞的。
2023-09-23 17:25:10
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原创 linux本地文件与docker容器中的文件共享进行Rstudio开发
在我们开发过程中，docker镜像容器是最方便的，如我不需要单独在本地安装R语言，又安装Rstudio；当我们需要把真实Linux环境中的文件，及代码复制到docker容器中运行，这样很麻烦，相当于容器中也占有一份，这样浪费磁盘空间。5.这样可以通过网页http://172.18.118.101:8788/直接使用Rstudio进行开发存储。其中：/home/jxlab/file/lry/r是我Linux本地的地址；/home/rstudio/workspace/是docker容器共享地址；
2023-09-10 22:50:38
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原创 Linux操作系统扩充容量
生活中，我们运用服务器的时候，现在大家主流的是用虚拟服务器。当用一段时间之后，里面的容量不够用。这个时候，就可以看到新的挂载点。假如管理员已经扩容了，但是你的df-h还是不显示。把剩余磁盘空间分配时候，需要指定起始扇区位置，我们通过以下命令查看空闲扇区情况。现在需要扩容1T来使用。这时，上面红色字体不在提示，我们通过以下命令查看为分配空间大小。6.创建一个目录，用于将新分区挂载到系统中：如我挂载到家目录。这时根据这个信息可以将剩余的空闲空间挂载到新的地方。这时我们看到有1T的空闲空间。
2023-09-10 11:19:40
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原创 latex自定义参考文献
latex参考文献定义：一般英文论文参考文献需要自己定义，以下以Briefings in Bioinformatics期刊为例；这个期刊要求的参考文献如下：Buettner F, Natarajan KN, Casale FP, et al. Computational analysis of cell-to-cell heterogeneity in single-cell RNA-sequencing data reveals hidden subpopulations of cells. Nat B
2023-05-24 21:26:56
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原创 scGPT:单细胞的末日与开端
具体来说，大规模多样化数据集和预训练Transformer的结合已成为开发基础模型的一种有前途的方法。此外，该模型可以很容易地进行微调，以在各种下游任务中实现最先进的性能，包括多批次融合（multi-batch integration）、多组学融合(multi-omic integration)、细胞类型注释(cell-type annotation)、基因扰动预测(genetic perturbation prediction)和基因网络推断(gene network inference)。
2023-05-07 08:57:52
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原创 docker安装TensorFlow1.0单细胞数据增强scGAN
输入eval ssh-agent，如果出现这篇作者中的这个情况，可以这样解决https://blog.csdn.net/wfx056012/article/details/115707777。（2）拉取之后：在你的镜像中会多一个：tensorflow/tensorflow这样的一个镜像。说明sshd的进程没有开始，正常情况下是会出现两个进程的，然后输入sudo /etc/init.d/ssh start，会出现这。8087是我在外面pycharm需要连接的端口号，22是你本身docker的端口号。
2023-03-29 23:47:20
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原创 单细胞数据生成scGAN新版安装遇到的坑
4.使用过程中pands错误，DataFrame中的set_values()错误，网上说用.at[]代替。2.安装他给的包，但是我已经安装最新版的pandas，numpy;scanpy（注scanpy不能用作者的，否则里面的umap包对应的方法会错误）数据预处理：当然得先用他的–process过程了。需要生成他对应的预处理数据，如TF—_records文件夹，你才能训练–train。3.安装MulticoreTSNE==0.1包的时候，需要注意先安装pip install cmake=3.18.4。
2023-03-29 09:29:25
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空空如也
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