微生物数据的sparcc网络分析

sparcc网络分析

运行sparcc

1. 首先先安装fastspar，地址https://github.com/scwatts/fastspar
2. 整理abundance_counts数据，abundance_counts.txt 格式为 第一列为feature ID，且列名为 #OTU ID，其他列是样本的OTU丰度
3. 然后执行下列脚本

fastspar --iterations 50 --exclude_iterations 20 --otu_table ./abundance_counts.txt --correlation median_correlation.tsv --covariance median_covariance.tsv --threads 8
mkdir bootstrap_counts
fastspar_bootstrap --otu_table ./abundance_counts.txt --number 100 --prefix ./bootstrap_counts/abundance_counts
mkdir bootstrap_correlation
parallel fastspar --otu_table {
   } --correlation bootstrap_correlation/cor_{
   /} --covariance ./bootstrap_correlation/cov_{
   /} -i 5 ::: bootstrap_counts/*
fastspar_pvalues --otu_table ./abundance_counts.txt --correlation median_correlation.tsv --prefix bootstrap_correlation/cor_abundance_counts_ --permutations 100 --outfile pvalues.tsv

网络可视化

定义函数，
pvalue_path：sparcc生成的每个关系对的pvaule值
cor_path：sparcc生成的每个关系对的r值
taxa_table：OTU taxonomy 分类表
cut_off_p：pvaule阈值
level：给otu映射颜色的分类水平，推荐Phylum

library(tidyverse)
library(phyloseq)
library(igraph)

plot_sparcc_graph <- function(pvalue_path, cor_path, taxa_table, cut_off_p, level){
   
  sparcc_A_pvalue <- read_delim(pvalue_path, col_names = TRUE, delim = '\t')