amber 16 安装

从官网下载好 amber16 以及 amber16Tools 的安装包

安装串行版本

$ tar xjf amber16.tar.bz2
$ tar xjf amber16Tools.tar.bz2
# 这一步会将两份文件解压到一个文件夹 amber16 中
$ cd amber16
$ ./configure --skip-python intel 
# 我这里使用 intel 编译器且不需要 python 组件，你可以选择 gnu 以及去掉 --skip-python 选项等等

$ source amber16.sh
$ make install -j 8

安装完串行版本后可以在 bin 目录下看到一些可执行程序

安装并行版本

$ make clean 
$ ./configure -mpi --skip-python intel
$ make install -j 8

安装完成后可以看到 bin 目录下多了一些 .MPI 的可执行程序