CESM 2.1.3 安装配置文件详解

最新推荐文章于 2024-03-13 22:55:59 发布

MrXun_

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分类专栏：软件安装文章标签： linux cesm clm5

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这篇文章对 CESM 2.x 以及 CLM 5.x 版本的配置做了详细的解释，如果对你有帮助的话欢迎点赞评论支持一下，谢谢~

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配置文件路径

CESM 2.x 版本配置文件路径在 $CESM_ROOT/cime/config/cesm/machines
CLM 5.0 的配置文件也在上述路径下 $CLM_ROOT/cime/config/cesm/machines

配置文件详解

config_machines.xml

<machine MACH="custom">
    <DESC> User Defined </DESC>
    <NODENAME_REGEX> User Defined </NODENAME_REGEX>
    <OS>Linux</OS>
    <COMPILERS>intel</COMPILERS>
    <MPILIBS>impi</MPILIBS>
    <CIME_OUTPUT_ROOT>$ENV{WORKDIR}/cesm213_case_dir</CIME_OUTPUT_ROOT>
    <DIN_LOC_ROOT>/public/cesm/inputdata</DIN_LOC_ROOT>
    <DIN_LOC_ROOT_CLMFORC>/public/cesm/ptclm-data</DIN_LOC_ROOT_CLMFORC>
    <DOUT_S_ROOT>$ENV{WORKDIR}/cesm213_case_dir/$CASE</DOUT_S_ROOT>
    <BASELINE_ROOT>$ENV{WORKDIR}/cesm_baselines</BASELINE_ROOT>
    <CCSM_CPRNC>$CIMEROOT/tools/cprnc/build/cprnc</CCSM_CPRNC>
    <GMAKE>make</GMAKE>
    <GMAKE_J>16</GMAKE_J>
    <BATCH_SYSTEM>pbs</BATCH_SYSTEM>
    <SUPPORTED_BY>mrxun_</SUPPORTED_BY>
    <MAX_TASKS_PER_NODE>64</MAX_TASKS_PER_NODE>
    <MAX_MPITASKS_PER_NODE>64</MAX_MPITASKS_PER_NODE>
    <PROJECT_REQUIRED>FALSE</PROJECT_REQUIRED>
    <mpirun mpilib="default">
      <executable>mpirun</executable>
      <arguments>
        <arg name="anum_tasks"> -np {{ total_tasks }}</arg>
      </arguments>
    </mpirun>
    <module_system type="none"/>
    <environment_variables>
      <env name="NETCDF_PATH">/public/lib/netcdf/intel/4.7.4</env>
    </environment_variables>
</machine>

这里重点有下面几个方面：

COMPILERS：一般大型服务器上都会部署 mpi 编译器，根据你的需求选择有 pgi，intel，gnu 等等
MPILIBS：Intel 编译器一般选择 impi，gnu 可以搭配 openmpi，mpich，如果你不需要 mpi 这里就填 mpi-serial 即可
DIN_LOC_ROOT：这个文件夹的位置可以选择一个固定的目录，这样所有的 inputdata 都会放在同一个文件夹中，方便后续使用
DIN_LOC_ROOT_CLMFORC：同上
BATCH_SYSTEM：如果你是普通的服务器没有部署作业调度系统这一项填写 none 即可。一般大型服务器或超算上都会部署类似 slurm，pbs 或者 lsf 等等作业调度系统，还有部分作业调度系统是定制版本，这就需要联系系统管理员或者自己熟读用户手册之后再修改这两项
GMAKE_J：编译时候可以并行的最大核数，这个数字填你使用的机器的 CPU 核数即可
PES_PER_NODE 和 MAX_TASKS_PER_NODE：这两个数字需要视情况而定，如果你使用的机器是一般的服务器，没有计算节点这些东西的话直接填写机器的 CPU 核数即可；如果你使用的是大型服务器或超算则需要填写计算节点的 CPU 核数。如果这里填的数字超过你的 CPU 核数一般都是会再运行时报错
RUNDIR、EXEROOT、DOUT_S_ROOT、BASELINE_ROOT：这些都是可以使用环境变量的形式填写，这样的好处是多人使用的时候每个人只需要设置 WORKDIR 变量就可以了，方便每个人管理自己的 case

上面的几点如果熟悉 CESM 1.x 的朋友们应该已经很熟悉了，下面几点是 2.x 版本新添加的功能，这里需要大家根据自己的配置来设置

mpirun 标签：如果你只使用一种 mpi 模式，后面 mpilib 的值填 default 即可，如果你有多种模式的 mpi ，例如 openmpi、mpich 等。这里就需要对每种 mpi 模式选择对应的提交方式，我这里就只有 intelmpi ，所以选择 default

executable 标签：指 mpi 提交作业的方式，没有作业调度系统的情况下填写 mpirun 或 mpiexec 即可。如果有作业调度系统，这里一般不能直接填写 mpirun，应选择对应的作业提交方式，类似 srun、qsub等
arguments 标签：指 mpi 提交作业的其他参数，每个参数都可以单独写一个 arg 标签，例如指定 -n 核数

<arg name="num_tasks" > -n {{ total_tasks }}</arg>

module_system 标签：指定在软件运行前需要使用 module 命令加载的软件或者库，如果没有 module 或不需要软件提醒，自己手动加载的，这里的 type 选择 none 就可以了

init_path 标签：指加载 module 命令的初始命令，一般情况下系统中都会自动加载，后面的 lang 参数是指初始化 module 时使用的语言
cmd_path 标签：指使用 module 时的命令，一般情况下都是 module
modules 标签：指在运行 CESM 之前需要使用的命令，如果是指定 compiler 则是指在使用某个编译器时需要加载的命令
modules 下 command 标签：执行 module 命令的参数，name = load 就相当于执行了 module load 命令

environment_variables 标签：指定在运行前需要手动设置的环境变量，例如：

<env name="NETCDF_PATH">/public/lib/netcdf/intel/4.7.4</env>

这就是指你在编译运行前需要设置 NETCDF_PATH 参数：export NETCDF_PATH=/public/lib/netcdf/intel/4.7.4，如果你使用 openmpi ，可以在这里写

<env name="OMP_NUM_THREADS">24</env>

config_compilers.xml

<compiler COMPILER="intel">
  <CFLAGS>
    <base>  -qno-opt-dynamic-align -fp-model precise -std=gnu99 </base>
    <append compile_threaded="true"> -qopenmp </append>
    <append DEBUG="FALSE"> -O2 -debug minimal </append>
    <append DEBUG="TRUE"> -O0 -g </append>
  </CFLAGS>
  <CPPDEFS>
    <!-- http://software.intel.com/en-us/articles/intel-composer-xe/ -->
    <append> -DFORTRANUNDERSCORE -DCPRINTEL</append>
  </CPPDEFS>
  <CXX_LDFLAGS>
    <base> -cxxlib </base>
  </CXX_LDFLAGS>
  <CXX_LINKER>FORTRAN</CXX_LINKER>
  <FC_AUTO_R8>
    <base> -r8 </base>
  </FC_AUTO_R8>
  <FFLAGS>
    <base> -qno-opt-dynamic-align  -convert big_endian -assume byterecl -ftz -traceback -assume realloc_lhs -fp-model source  </base>
    <append compile_threaded="true"> -qopenmp </append>
    <append DEBUG="TRUE"> -O0 -g -check uninit -check bounds -check pointers -fpe0 -check noarg_temp_created </append>
    <append DEBUG="FALSE"> -O2 -debug minimal </append>
  </FFLAGS>
  <FFLAGS_NOOPT>
    <base> -O0 </base>
    <append compile_threaded="true"> -qopenmp </append>
  </FFLAGS_NOOPT>
  <FIXEDFLAGS>
    <base> -fixed -132 </base>
  </FIXEDFLAGS>
  <FREEFLAGS>
    <base> -free </base>
  </FREEFLAGS>
  <LDFLAGS>
    <append compile_threaded="true"> -qopenmp </append>
  </LDFLAGS>
  <MPICC> mpiicc  </MPICC>
  <MPICXX> mpiicpc </MPICXX>
  <MPIFC> mpiifort </MPIFC>
  <SCC> icc </SCC>
  <SCXX> icpc </SCXX>
  <SFC> ifort </SFC>
  <SLIBS>
    <base>-L$ENV{NETCDF_PATH}/lib -lnetcdff -lnetcdf -lhdf5_hl -lhdf5 -ldl -lm -lz -lcurl</base>
    <append MPILIB="mpich"> -mkl=cluster </append>
    <append MPILIB="mpich2"> -mkl=cluster </append>
    <append MPILIB="mvapich"> -mkl=cluster </append>
    <append MPILIB="mvapich2"> -mkl=cluster </append>
    <append MPILIB="mpt"> -mkl=cluster </append>
    <append MPILIB="openmpi"> -mkl=cluster </append>
    <append MPILIB="impi"> -mkl=cluster </append>
    <append MPILIB="mpi-serial"> -mkl </append>
  </SLIBS>
  <SUPPORTS_CXX>TRUE</SUPPORTS_CXX>
</compiler>

这里重点有下面几个方面（依旧以 Intel 编译器为例）：

首先需要修改的还是 MPICC 等几个 mpi 编译器的名称
SLIBS 标签下原先缺少了 netcdf 库的各种链接，需要手动添加，base 的意思是无论你的 MPILIB 是什么都会自动加载

关于 NetCDF 库还有一点需要注意

在 $CESM_ROOT/cime/scripts/Tools/Makefile 文件中查找 lnetcdff，可以看到有两行是

ifeq ($(NETCDF_SEPARATE), false)
    SLIBS := -L$(LIB_NETCDF) -lnetcdff -lnetcdf -lhdf5_hl -lhdf5 -ldl -lm -lz -lcurl
  else ifeq ($(NETCDF_SEPARATE), true)
    SLIBS := -L$(LIB_NETCDF_FORTRAN) -L$(LIB_NETCDF_C) -lnetcdff -lnetcdf -lhdf5_hl -lhdf5 -ldl -lm -lz -lcurl
  endif

原来是没有 -lhdf5_hl -lhdf5 这些选项的需要手动添加一下

CESM 2.x 中关于 compiler 的配置不需要修改太多，算是对开发人员更加友好了

config_batch.xml

在 config_batch.xml 文件中我们可以看到很多已经配置好的作业调度系统，如果刚好有你需要的，例如：slurm、lsf、pbs 等等，可以直接在原有的基础上修改一些选项，例如在 pbs 中添加 -l 选项，找到 directives 标签，在下方添加：

 <directive> -l nodes=2:ppn=10 </directive>

因为每个调度系统使用的队列是不同的，如果你没有在这里指定队列信息，在后面运行的时候会提示你没有可用队列，我们只需要添加一条自己的队列信息即可

<batch_system MACH="custom" type="pbs" >
    <queues>
        <queue  nodemin="1" nodemax="4" default="true">compute_queue_1</queue>
    </queues>
</batch_system>

如果你在 config_machines.xml 中的 BATCH_SYSTEM 配置是 none 的话这个文件就可以不用修改了

FAQs（持续收集中 … ）

Q1：编译过程中出现 pnetcdf 的问题
A1：找到 $CESM_ROOT/cime/scripts/Tools/Makefile 中关于 pnetcdf 的位置将 -lpnetcdf 等等都删了
A2：重新安装 pnetcdf 库以及 netcdf 库

如果你在运行过程中有任何问题欢迎留言或私信讨论！

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