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Linux
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MrXun_
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安装好 pymatgen 后无法导入 IDPPSolver
安装好 pymatgen 后无法导入 IDPPSolver原创 2022-10-27 15:59:30 · 805 阅读 · 0 评论 -
在Linux下安装软件常见的BUG
CXXABI… not found(1)strings /xxx/libstdc++.so.6 |grep CXXABI 先查看一下是否有你需要的版本(2)从系统的库里查看是否有高版本的 libstdc++.so.6.xx ,一般是在/usr/lib64里(3)将高版本的重新链接 ln -s libstdc++.so.6 libstdc++.so.6.xx 注意替换xx为你需要的版本...原创 2020-01-08 13:56:32 · 6664 阅读 · 4 评论 -
远程登录Windows的WSL子系统
很多文章要么只有安装 wsl 和 ssh,要么只有设置端口转发,完全不能一篇文章解决标题中的问题由于最近不在办公室,需要远程登录办公室的电脑,这样可以节省很多时间去配置各种命令回归正题,首先你需要确定你可以远程访问你的 windows 电脑(不能远程访问的可以退出了),而 wsl 可以看作和 Windows 在同一“路由器”下的电脑,远程登录需要开启“路由器”的端口转发功能,将 wsl 的 ssh 端口转发到远程可以访问的“路由器”网段下我这里的 wsl 是 ubuntu 系统,如果你是其他系统,.原创 2022-02-22 09:57:28 · 3161 阅读 · 0 评论 -
openbabel 3 以及 python openbabel 安装教程
软件简介Open Babel 是一个化学工具箱,旨在讲化学数据的多种语言。这是一个开放的协作项目,允许任何人搜索、转换、分析或存储来自分子建模、化学、固态材料、生物化学或相关领域的数据。安装环境OS :Redhat 6gcc 4.4.7 (系统默认版本)安装依赖库可以先 跳过 该步骤,后续出现对应的问题再来重新安装swig 4.0.1 (optional)由于系统自带的 swig 工具版本太低,在安装时没法正确的识别新语法,故这里需要先安装 swig ,如果你执行 swig -versi原创 2021-09-01 10:09:06 · 10018 阅读 · 3 评论 -
p4est 2.3.2 安装
软件简介p4est 软件库使自适应八叉树的集合的动态管理,方便地称为八叉树的森林。 p4est 旨在并行工作并扩展到数十万甚至数百万个处理器内核。它被世界各地的研究人员积极维护和使用。安装环境intel mpi 2018intel mkl 2018lua 5.4.3gcc 7.3.0依赖库安装安装 lua 库从官网下载安装包tar zxf lua-5.4.3.tar.gz cd luavim Makefile将 INSTALL_TOP 改为你需要安装的目录make &原创 2021-07-23 10:32:43 · 1308 阅读 · 0 评论 -
petsc 库 安装
软件简介petsc 是一套数据结构和例程,用于通过偏微分方程建模的科学应用的可扩展(并行)解决方案。它通过 CUDA 或 OpenCL支持 MPI 和GPU,以及混合 MPI-GPU 并行性。PETSc(有时称为 PETSc/Tao)还包含 Tao 优化软件库。安装环境intel mpi 2018intel mkl 2018gcc 7.3.0安装 petsc从官网下载安装包tar zxf petsc-3.13.4.tar.gzcd petsc./configure --prefix=原创 2021-07-23 10:15:01 · 1193 阅读 · 0 评论 -
Linux R 中安装生物信息相关软件包
相关工具准备condaR 基础环境配置安装 Rconda create -n bio -c conda-forge r-base这里可以选择你需要的 R 版本安装 R 基础工具类软件包R> install.packages("BiocManager")> install.packages("devtools")安装一些常用的软件包使用 BiocManager 安装BiocManager::install("BioBase")BiocManager::inst原创 2021-07-22 11:15:01 · 787 阅读 · 0 评论 -
amber 16 安装
从官网下载好 amber16 以及 amber16Tools 的安装包安装串行版本$ tar xjf amber16.tar.bz2$ tar xjf amber16Tools.tar.bz2# 这一步会将两份文件解压到一个文件夹 amber16 中$ cd amber16$ ./configure --skip-python intel # 我这里使用 intel 编译器且不需要 python 组件,你可以选择 gnu 以及去掉 --skip-python 选项等等$ source am原创 2020-10-29 15:50:05 · 859 阅读 · 0 评论