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软件安装
文章平均质量分 61
包含所有我安装过的较为复杂的软件
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p4est 2.3.2 安装
软件简介p4est 软件库使自适应八叉树的集合的动态管理,方便地称为八叉树的森林。 p4est 旨在并行工作并扩展到数十万甚至数百万个处理器内核。它被世界各地的研究人员积极维护和使用。安装环境intel mpi 2018intel mkl 2018lua 5.4.3gcc 7.3.0依赖库安装安装 lua 库从官网下载安装包tar zxf lua-5.4.3.tar.gz cd luavim Makefile将 INSTALL_TOP 改为你需要安装的目录make &原创 2021-07-23 10:32:43 · 1308 阅读 · 0 评论 -
petsc 库 安装
软件简介petsc 是一套数据结构和例程,用于通过偏微分方程建模的科学应用的可扩展(并行)解决方案。它通过 CUDA 或 OpenCL支持 MPI 和GPU,以及混合 MPI-GPU 并行性。PETSc(有时称为 PETSc/Tao)还包含 Tao 优化软件库。安装环境intel mpi 2018intel mkl 2018gcc 7.3.0安装 petsc从官网下载安装包tar zxf petsc-3.13.4.tar.gzcd petsc./configure --prefix=原创 2021-07-23 10:15:01 · 1193 阅读 · 0 评论 -
Linux R 中安装生物信息相关软件包
相关工具准备condaR 基础环境配置安装 Rconda create -n bio -c conda-forge r-base这里可以选择你需要的 R 版本安装 R 基础工具类软件包R> install.packages("BiocManager")> install.packages("devtools")安装一些常用的软件包使用 BiocManager 安装BiocManager::install("BioBase")BiocManager::inst原创 2021-07-22 11:15:01 · 787 阅读 · 0 评论 -
conda 中手动安装 cpan 的模块
问题描述:perl 中使用 cpan 安装 XML::LibXML 模块出现失败,提升 x86_64-conda_cos6-linux-gnu-gcc: 没有那个文件或目录错误原因:在 conda 中的 perl 会自动调用 conda gcc,而不是使用系统中的 gcc解决方法:手动安装所需模块 ,方法如下修改编译器为系统中自带的 gcccd ~/.cpan/build/xxxxx #(xxxxx为刚才自动下载的模块的文件夹)perl Makefile.PLvim Makefile将 C原创 2021-06-24 10:50:50 · 821 阅读 · 0 评论 -
perl 中使用 cpan 工具
cpan 常用命令查看所有已安装的包perldoc perllocal# 或instmodsh# 或find `perl -e 'print "@INC"'` -name '*.pm'查看某个已安装包的位置以DBD::mysql为例perldoc -l DBD::mysql卸载已安装的包cpan 工具没法直接像 conda 等其他工具一样直接 cpan uninstall xxx我们可以使用上面的查询命令找到你需要删除的包,找到对应位置后直接使用 rm 命令删除整个原创 2021-06-24 10:45:50 · 944 阅读 · 0 评论 -
从源码编译安装 TensorFlow C++ 库和 DeepMD-kit
TensorFlow 在 python 下的安装还是比较方便快捷的,直接使用 pip 或者 conda 就可以一键安装,而要想使用 tensorflow 的 C++ 接口就需要在系统中编译安装 tensorflow 的库文件。不仅如此,如果想使用一些现成的工具时还是需要用到 tensorflow 的 C++ 库,安装步骤不算复杂,只是中间会有一些坑,在这里我简单记录一下。安装 bazel编译 TensorFlow在 GitHub 上 clone 你需要的版本git clone -b v2.4.1 h原创 2021-06-11 14:11:01 · 1904 阅读 · 2 评论 -
ALPS 2.3.0 安装教程
简介The ALPS project (Algorithms and Libraries for Physics Simulations) is an open source effort aiming at providing high-end simulation codes for strongly correlated quantum mechanical systems as well as C++ libraries for simplifying the development of suc原创 2021-04-30 15:44:36 · 1519 阅读 · 4 评论 -
常见数学库下载网址收录
ioapihttps://www.cmascenter.org/ioapi/documentation/all_versions/html/AVAIL.html#v31zlibhttps://zlib.net/szib (这里只有 2.1.1 版本的 szip)https://support.hdfgroup.org/doc_resource/SZIP/HDF5 (可能需要注册登录)https://www.hdfgroup.org/downloads/hdf5netcdf-chttps原创 2021-04-14 16:19:09 · 309 阅读 · 0 评论 -
使用 PGI 编译器安装 ioapi 3.1
软 / 硬件版本PGI 20.7netcdf-c 4.7.4netcdf-fortran 4.5.3cpu : Intel Xeon® E5-2680 v3安装 netcdf参考以前的文章我这里使用的是之前用 intel 编译器编译的 netcdf ,在编译 ioapi 时并没有重新使用 pgi 编译器重新编译,暂时没有出现问题,后续有出错会再更新安装 ioapi修改配置文件总共有 4 处文件需要修改./Makefile./ioapi/Makefile./io原创 2021-04-14 15:59:05 · 997 阅读 · 0 评论 -
CESM 2.1.3 安装配置文件详解
配置文件路径CESM 2.x 版本配置文件路径在 $CESM_ROOT/cime/config/cesm/machinesCLM 5.0 的配置文件也在上述路径下 $CLM_ROOT/cime/config/cesm/machines配置文件详解config_machines.xml<machine MACH="custom"> <DESC> User Defined </DESC> <NODENAME_REGEX> User Def原创 2021-04-01 16:21:53 · 3595 阅读 · 2 评论 -
ESMF 8.0 安装
其实安装并不复杂,由于我在安装时被网上的参数误导,导致我一直卡在一个地方,我一度怀疑 ESMF 的源码有问题,故写篇文章记录一下,也为后面的朋友们踩坑!下载在 GitHub 上下载源码即可!环境变量设置ESMF_HOME=/path/to/ESMF-8.0.1export ESMF_DIR=$ESMF_HOMEexport ESMF_COMM=intelmpiexport ESMF_COMPILER=intelexport ESMF_ABI=64export ESMF_INSTALL_PR原创 2021-04-01 10:19:47 · 3492 阅读 · 12 评论 -
CESM 1.2.1 安装配置文件详解
CESM 1.x 版本现在使用者还是很多,最近对配置方面的理解有了进一步的了解,故写了一篇文章为大家解惑,如果有不正确的地方欢迎指正!配置文件路径CESM 1.2 版本配置文件路径在 $CESM_ROOT/script/ccsm_utils/Machines配置文件详解config_machines.xml<machine MACH="custom"> <DESC>my defined</DESC> <OS>LINUX</OS>原创 2021-04-01 10:03:32 · 1220 阅读 · 0 评论 -
R语言 安装包时出现的一个错误
联网安装$ R> install.packages("xxx")> 选择 beijing 1(清华)遇到的错误!!!!安装包一直失败其中有提示 f (nzchar(SHLIB_LIBADD)) SHLIB_LIBADD else character()很奇怪的一个错误,原因是用 conda 装了好几个版本的 R ,配置文件没对上$ find /path/to/conda -name Makeconf# 找到所有的 R 配置文件# 查看自己使用的是什么版本,例如我这里有这些原创 2020-08-07 13:58:36 · 1542 阅读 · 1 评论 -
WRF 和 WPS 3.9.1 以及 wrf chem、wrf hydro安装
WRF 的安装其实没有什么难点,主要是依赖库比较繁琐,还有两个用的比较多的 chem 和 hydro,我在安装的时候在网上找的教程都不尽如人意,所以在这里总结一下机器配置以及编译器选择intel 编译器 2013 版本,包含 mpiicc、mpiifortgcc 4.4.7安装依赖库 #安装依赖库 Zlib netCDF HDF5 Libpng Jasper #例如在local文件夹下 $ mkdir Zlib netCDF HDF5 Libpng Jasper原创 2021-02-05 09:21:53 · 3004 阅读 · 8 评论 -
gromacs 2020.2 with plumed 安装
这里使用 intel 2018 + gcc 5.4.0 编译器由于需要软件安装时还需要使用 python ,所以我们还需要加载一个纯净的 python 环境(如果编译有问题可以使用 conda 新建一个虚拟环境)首先我们安装 plumed2 2.6.1,直接参考 CP2K 7.1.0 中的安装方法(还需要安装 gsl 库)即可加载 plumed 环境export PLUMED_ROOT=/path/to/plumed2/2.6.1/lib/plumed/export PATH=/path/to/p原创 2020-12-28 09:53:55 · 1493 阅读 · 4 评论 -
CP2K 7.1.0 使用 Intel 编译器安装
安装环境简介:IntelMPI 18.0.3GCC:5.4.0gcc 的版本只需要支持 c++11 都是可以的几乎需要从零开始安装,安装方法与 gcc + openmpi 方法有一些差别,之前编译的依赖库不能直接使用,都需要重新编译下载 CP2K 7.1.0 源代码,并查看需要的依赖库源代码在github 上,这里需要注意的点是你需要用 git 命令下载源代码 $ git clone --recursive https://github.com/cp2k/cp2k.git cp2k如果原创 2020-12-16 08:38:32 · 2678 阅读 · 2 评论 -
cmake 编译时的一些常见命令和选项
在 cmake 中一些选项都变得又臭又长,现在特写一篇文章记录下一些常见的命令和选项常见软件的安装步骤$ cd /path/to/soft$ mkdir _build$ cd _build$ cmake ..$ make $ make install然后在此文件夹中可以看到生成了很多文件一般 cmake 的安装路径会写在 cmake_install.cmake 文件中,默认应是在 /usr/lcoal 中常用的选项-DCMAKE_INSTALL_PREFIX= 指定安装路径,相当于原创 2020-11-20 09:17:34 · 868 阅读 · 0 评论 -
gcc.8.3 出现 cannot find ‘ld‘ & 安装 binutils-2.31
在使用 mvapich2 和 gcc 8.3 编译软件时出现了 cannot find ‘ld’ 的错误,经过排查发现是系统库里的 binutils 软件包版本太低,所以只能重新安装个高版本的 binutils下载安装 binutils-2.31$ wget https://ftp.gnu.org/gnu/binutils/binutils-2.31.tar.gz$ tar zxf binutils-2.31.tar.gz# 使用 gcc -v 查看下 gcc 的安装配置,我的配置如下使用内原创 2020-11-10 09:28:05 · 1351 阅读 · 0 评论 -
python 3.7.7 环境中安装 PyNIO
今天在安装 pynio 的时候发现, 如果使用 conda 安装会提示你 pynio 只能在 python 2.7.x 的环境中安装而使用 pip 则直接提示没有 pynio于是只能通过源码来编译 pynio下面写几点需要注意的地方$ git clone https://github.com/NCAR/pynio.git$ cd pynio# 如果你没有安装 numpy 请先安装 numpy$ pip install numpy$ python setup.py install在编译的最原创 2020-11-03 15:22:13 · 4238 阅读 · 7 评论 -
amber 16 安装
从官网下载好 amber16 以及 amber16Tools 的安装包安装串行版本$ tar xjf amber16.tar.bz2$ tar xjf amber16Tools.tar.bz2# 这一步会将两份文件解压到一个文件夹 amber16 中$ cd amber16$ ./configure --skip-python intel # 我这里使用 intel 编译器且不需要 python 组件,你可以选择 gnu 以及去掉 --skip-python 选项等等$ source am原创 2020-10-29 15:50:05 · 859 阅读 · 0 评论 -
LAPACK 动态库安装
安装包直接从官网下载即可,下面只介绍安装步骤一般来说软件或库的安装只需要编译静态库的 lapack 和 blas 就可以了,今天在安装 QUIP 时竟然必须使用 lapack 动态库才能成功,否则一直安装失败$ cd lapack-3.8.0$ mkdir _build$ cd _build$ cmake .. -DCMAKE_BUILD_TYPE=RELEASE -DBUILD_SHARED_LIBS=ON$ make如果你使用的是 make 直接安装只会生成libblas.a等静态库,原创 2020-10-20 16:40:21 · 2893 阅读 · 0 评论 -
nest-simulator 安装教程
NEST 是用于强化神经网络模型的模拟器,其重点是神经系统的动力学,大小和结构,而不是单个神经元的确切形态。NEST 的发展由NEST 计划协调。NEST 非常适合任何大小的尖峰神经元网络,例如:信息处理模型,例如哺乳动物的视觉或听觉皮层网络活动动态模型,例如层状皮层网络或平衡随机网络学习和可塑性的模型NEST 在 Linux 下的安装流程比较简单,主要是要注意一些编译选项下载$ git clone https://github.com.cnpmjs.org/nest/nest-simul原创 2020-10-10 09:54:36 · 1574 阅读 · 4 评论 -
Linux 下 R 安装 mxnet (每个坑都踩,哭了)
目前为止我见过最恶心最恶心的软件包,没有之一,先上一个安装成功的图先吐槽一波,想直接看过程的往下翻谢谢点击官网看了一下 Linux 下只能通过源码编译,当你兴致冲冲的看完 build from source 后准备看看如果生成 R 包,https://mxnet.apache.org/get_started/build_from_source#install-the-mxnet-package-for-r ,好家伙,链接都不带跳转一下的,好吧,那我先做第一步好了。从官网下载好 apache-mxnet-原创 2020-09-27 17:02:11 · 1122 阅读 · 0 评论 -
Linux R 安装各种库的方法总结
R 语言在 Linux 下的安装安装 R 还是比较简单的,可以使用官网提供的源码编译,更简单的可以使用 conda 来安装 $ conda install -c r r-baseR 安装各种包在线安装$ R> install.package("package_name",repos = "https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")更多直接安装的方式可以参考 https://blog.csdn.net/ARPOSPF/article/d原创 2020-09-27 14:39:08 · 940 阅读 · 0 评论 -
史上最全 CP2K 7.1.0 安装教程
安装环境简介:CPU:AMD EPYC 7542 32-Core ProcessorOS:CentOS 7.8.2003MPI:OpenMPI 4.0.4GCC:10.2.0真正从零开始安装(新机器,只安装了 OpenMPI 和 Gcc),理论上此方法适用于所有机器。OpenMPI 和 Gcc 这两个的安装并没有什么难度,唯一需要注意的就是在安装 OpenMPI 时需要开启一个选项,用于支持旧版本的语法,否则可能会出现一些语法错误,到时候只能通过修改源代码才能安装成功,非常麻烦。下载 CP2.原创 2020-09-23 15:54:14 · 9643 阅读 · 16 评论 -
petsc 2.3.3 & 3.12.3 安装
安装依赖库 hypre-2.4只有 petsc-2.3.3 需要 #下载安装hypre-2.4.0b.tar.gz $ tar zxvf hypre-2.4.0b.tar.gz $ cd hypre-2.4.0b/src $ export CC=mpiicc $ export CXX=mpiicxx $ export F77=mpiifort $ ./configure $ make install安装 petsc-2.3.3原创 2020-08-20 11:06:26 · 1098 阅读 · 0 评论 -
在Linux下安装软件常见的BUG
CXXABI… not found(1)strings /xxx/libstdc++.so.6 |grep CXXABI 先查看一下是否有你需要的版本(2)从系统的库里查看是否有高版本的 libstdc++.so.6.xx ,一般是在/usr/lib64里(3)将高版本的重新链接 ln -s libstdc++.so.6 libstdc++.so.6.xx 注意替换xx为你需要的版本...原创 2020-01-08 13:56:32 · 6664 阅读 · 4 评论 -
CMAQ-5.3 安装教程
CMAQ(Community Multiscale Air Quality 通用多尺度空气质量)模型,是美国环保局开发的第三代空气质量预报和评估系统(Models-3)的核心组成之一。是一套三维欧拉网格化的大气化学和传输模拟系统,能够模拟整个对流层的臭氧,酸沉降,能见度和细颗粒物。整个模式遵循 “一个大气” 理念,可以同时处理从局地到半球的不同空间尺度的多个复杂的空气质量问题,作为一个有效的第三...原创 2019-09-20 13:33:21 · 10357 阅读 · 22 评论 -
CESM2 在 amd 机器上安装
安装依赖库这次所需要的依赖库有 zlib,HDF5,NetCDF-C以及NetCDF-Fortran# 安装HDF5$ ./configure --prefix=你的安装路径/hdf5 --enable-fortran --enable-fortran2003 --enable-parallel$ make -j 48$ make install# 添加环境变量$ vim ~/.b...原创 2019-09-24 15:49:19 · 1891 阅读 · 0 评论