3D Slicer 源码编译记录

此次编译的为Slicer-5.2.2版本

史上最全slicer编译踩坑记录。

一、源码下载

git地址：GitHub - Slicer/Slicer at v5.2.2

重要

1、使用clone下来，通过压缩包下载后面需要解决git的问题

git clone -b v5.2.2 --depth=1 git://github.com/Slicer/Slicer

2、构建前将本机python的debug环境先卸载。

3、qt版本要用对。

二、CMake构建

                  

        将BUILD_TESTING,Slicer_USE_QtTesting，是否编译测试示例，本文取消选则

 1、遇到的问题

1. Could NOT find Patch (missing: Patch_EXECUTABLE)

         原因是Patch_EXECUTABLE 路径找不到，因为后面编译时，会用到git 去下载很库文件，所以搜索 patch.exe在本机的位置，手动填写路径即可。

      2. Qt5_DIR-NOTFOUND

        因为没配置环境变量，所以手动添加即可。（切记不要因为本机有其他版本就去直接使用，不然会得不偿失）使用要求的qt版本。

      3. CMake Error at CMake/SlicerCheckCMakeHTTPS.cmake:33 (message):
error: "Timeout was reached"

        打开Slicer\CMake\SlicerCheckCMakeHTTPS.cmake文件，将url的地址改为国内可以访问的地址。如www.baidu.com

 三、vs编译

 1、遇到的问题

         1. fatal error C1189: #error: Unsupported platform (invalid pointer size)

dcmtk编译报错：原因为cmake构建x64或者win32平台时未声明 SIZEOF_VOID_P 的问题，我是cmake3.25.0报的错，所以升级到了cmake3.25.2后重新构建完成。

        2. X509_CHECK_FLAG_NO_PARTIAL_WILDCARDS: 未声明的标识符

         看意思是openssl报的错，所以在cmake时将Slicer_USE_PYTHONQT_WITH_OPENSSL勾掉后重新构建。（我最开始用的qt版本不对，后续换成正确的版本且安装时增加openssl的安装后未发现此错误）

        3. Failed to clone repository:

         挂了全局代理也会出现这个问题，所以需要我们手动拉下来。打开视图->终端：在powershell中git clone后重新编译即可。

        此方法也会有实效的情况，就需要手动将git下来的文件复制到itk、vtk等等这些模块的Remote文件夹中，文件夹命名根据远程模块对应的 .remote.cmake文件中的名称来命名然后重新编译即可。

        4.PythonQt报错

        使用cmake工具打开 python-build 文件夹重新构建后再打开slicer工程编译。

         5.ctk报错

        还是说pythonqt的错，然后我们去找具体的报错内容发现是找不到PythonQt.dll

         找到D:\Slicer-5.2.2\BUILD64\CTK-build\PythonQt-build的工程目录打开PythonQt的工程，手动编译，成功后再编译slicer工程。

                            

        6. python-setuptools报错

         通过打开报错文件确定是python 的pip安装第三方库时超时导致的问题，所以我们要解决目前国内目前pip安装国外源超时的问题

         因为修改slicer的编译代码替换源很麻烦，所以这里采用永久修改源的方法。

                1. 在windows文件管理器中,输入 %APPDATA%，cmd里面输入即可。

                2. 会定位到一个新的目录下，在该目录下新建pip文件夹，然后到pip文件夹里面去新建个pip.ini文件

                3.在新建的pip.ini文件中输入以下内容

[global]
timeout = 6000
index-url = http://pypi.douban.com/simple
trusted-host = pypi.douban.com

        7. swigwin下载失败

         挂上代理下载swigwin-4.0.2.zip后放到D:\Slicer-5.2.2\BUILD64\Swig-prefix\src文件夹下重新编译。

        8. 无法打开输入文件"optimized.lib"

         使用cmake打开D:/Slicer-5.2.2/BUILD64/SimpleITK-build/SimpleITK-build/文件夹

                                 

     将系统的红圈部分删除，不然就会 Found PythonLibs: optimized;....debug等系统python库依赖的第三方库。然后重新configur、generate后再编译。

        9. get_filename_component unknown component optimized

         原因还是因为我们本地有python环境造成的，检查编译过的CTK ITK等，是否有python_debug_library有引入本地python包将红圈部分删除后再重新编译。

        还有一种简单的方法就是在报错的cmake源码

get_filename_component(PYTHON_LIB_BASE ${PYTHON_LIBRARY} NAME_WE)

改写为

set(PYTHON_LIBRARY "D:/Slicer-5.2.2/BUILD64/python-install/libs/python39.lib")
get_filename_component(PYTHON_LIB_BASE ${PYTHON_LIBRARY} NAME_WE)

        10. Variable Slicer_WC_LAST_CHANGED_DATE is expected to be defined.

 原因为slicer工程不是git clone下来的所以没有.git文件夹，导致没有调用GIT_WC_INFO宏导致的

有两个方法一个方法是git去拉,不要拉master分支，拉取固定版本。

git clone -b v5.2.2 --depth=1 git://github.com/Slicer/Slicer

，网速不快的话很麻烦，第二种方法是git clone个.git文件夹就停，然后将.git文件夹拷贝到Slicer-5.2.2工程下，然后改写D:\Slicer-5.2.2\CMake\SlicerMacroExtractRepositoryInfo.cmake文件，增加

    set(${wc_info_prefix}_WC_TYPE git)
    GIT_WC_INFO(${MY_SOURCE_DIR} ${wc_info_prefix})

四：调试

        进入到子文件夹Slicer-build中，如果直接用VS打开Slicer.sln，设置SlicerApp为启动项。

                        

  

如果遇到 缺少QT5widgets.dll，缺少CTKwidget.dll等问题，通过命令行启动，在Slicer-build目录输入下面命令启动即可。

.\Slicer.exe --VisualStudioProject