vtkNIFTIImageReader读写方位以及原点信息

混元太极马保国

已于 2024-05-28 13:55:00 修改

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分类专栏： VTK 文章标签：图形渲染 c++

于 2024-02-02 22:00:00 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/qq_33598781/article/details/135958150

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本文介绍了如何使用vtkNIFTIImageReader读取NIFTI体数据并获取QFormMatrix中的方向和原点信息，同时探讨了RAS和LPS坐标系的转换，以及如何将LPS坐标系信息写回NIFTI文件中。

摘要由CSDN通过智能技术生成

使用vtkNIFTIImageReader读取体数据为vtkImageData时只会携带spacing信息，方向和原点信息不会写入，需要获取QFormMatrix进行解析。

1、方向及原点读取

	vtkSmartPointer<vtkNIFTIImageReader> niiReader = vtkSmartPointer<vtkNIFTIImageReader>::New();
	niiReader->SetFileName(path.c_str());
	niiReader->Update();
	vtkMatrix4x4* transform_matrix = niiReader->GetQFormMatrix();

获取4*4矩阵后使用GetElement(int i, int j)获取索引值，前三列为三个轴的方向，最后一列为偏移量也就是数据原点位置。

vtk里面存储NII默认为RAS坐标系，dicom坐标系以及主流看图ITK-Snap等软件采用的LPS坐标系，所以原点等信息需要换算一下。

图一：dicom坐标系

2、方向及原点写入

例：LPS坐标系信息写入

  vtkSmartPointer<vtkMatrix4x4> matrix = vtkSmartPointer<vtkMatrix4x4>::New();  // 坐标系设为LPS
    const double matrix_elemnt[16] = {
       -1,  0, 0, origin[0] * -1,
        0, -1, 0, origin[1] * -1,
        0,  0, 1, origin[2] * 1,
        0,  0, 0, 1
    };
    matrix->DeepCopy(matrix_elemnt);

    vtkSmartPointer<vtkNIFTIImageWriter> niiWriter = vtkSmartPointer<vtkNIFTIImageWriter>::New();
    niiWriter->SetFileName(file_name.c_str());
    niiWriter->SetInputData(data);
    niiWriter->SetQFormMatrix(matrix);
    niiWriter->Write();