目录-Amira用户指南

1简介3
1.1Overview 4
1.2功能概述4
1.2.1数据导入5
1.2.2查看，导航，交互性5
1.2.3三维图像数据的可视化5
1.2.4图像处理6
1.2.5模型重建7
1.2.6三维模型和数值数据的可视化8
1.2.7一般数据处理和数据分析9
1.2.8Matlab集成10
1.2.9高性能可视化11
1.2.10自动化，定制化，可扩展性11
1.3Extensions 11
1.4系统要求
1.4.1 Amira的优先硬件13
1.4.2硬件如何帮助优化17
1.4.3特殊考虑18
1.5Amira许可证管理器21
1.5.1Contents 21
1.5.2关于阿米拉牌照管理22
1.5.3许可经理的行为22
1.5.4授权故障排除40
1.5.5联系许可证管理员44
1.6 Amira的第一步44
1.7联系和支持45

2Getting Started 47
2.1启动程序47
2.2加载数据49
2.3编辑推荐51
2.4可视化数据51
2.5与查看器交互54
2.6数据导入55

3教程：可视化和处理2D和3D图像57
3.1如何加载图像数据57
3.1.1 Amira文件浏览器58
3.1.2从多个2D切片读取3D图像数据58
3.1.3设置边界框60
3.1.4堆叠切片文件格式60
3.1.5使用大型磁盘数据61
3.1.6使用核心外数据文件（LDA）63
3.2可视化3D图像69
3.2.1正交片70
3.2.2简单的数据分析70
3.2.3重新采样数据72
3.2.4显示等值面73
3.2.5研究数据73
3.2.6Volume Rendering 75
3.3多平面查看器简介81
3.3.1卷数据的检索81
3.3.2使用融合模式探索两个数据集83
3.3.3手动注册两个数据集83
3.4密度范围分区85
3.5三维图像的分割90
3.5.1交互式图像分割91
3.5.2体积和统计测量93
3.5.3阈值分割93
3.5.4改进阈值分割结果94
3.6光学显微镜的解卷积95
3.6.1关于图像解卷积的一般评论96
3.6.2数据采集和采样率97
3.6.3标准解卷积教程98
3.6.4盲解卷积教程103
3.6.5磁珠提取教程106
3.6.6性能问题和多处理112
3.7使用多通道图像117
3.7.1将多通道图像载入Amira 117
3.7.2使用OrthoSlice和MultiChannelField 118
3.7.3使用ProjectionView和MultiChannelField 119
3.7.4使用MultiChannelField的体绘制119
3.7.5在单个Amira网格文件中保存MultiChannelField 123
3.8在电子断层扫描中追踪管状结构123
3.8.1计算归一化互相关123
3.8.2追踪中心线129
3.8.3计算跟踪结果的基本统计数据132

4教程：高级图像处理，分割和分析137
4.1开始使用高级图像处理和定量分析138
4.1.1处理图像138
4.1.2解释为3D图像或2D图像堆栈140
4.1.3获得更多帮助140
4.1.4Binarizat