如何用Amira分割DICOM图像

1.点击OpenData加载文件,全部选中后点击Load,一般会有成百上千个图片,稍等片刻即可载入。

2.点击OrthoSlice,或右键工程选中OrthoSlice。

3.右键工程依次选中Labeling->LabelVoxel.选中之后修改下方的属性,Regions只保留Bone选项,然后回车,把下方的Bone-Inside进度条拉到最大,一次勾选上subvoxel accuracy、remove couch,去掉bubbles选项,然后点击Apply按钮。

 

 

 

4.选中LabelVoxel后,点击上方的第三个图标。点击图中的阈值按钮,调节放大后,调整图像显示,找到最合适的值,然后点击Select,点击➕.

 

之后图像变为这样,有蓝色的边框线了

 

5.然后我们要分割掉下方的垫板,调补掉其中的小洞。点击Brush按钮,用刷子把想去掉的线选中,点击➖,如图

 

 

 

 

6.刷子刷掉后的图像,很容易看到绿色框已经不再框住垫板了,里面的各种杂碎也被抹去了。

 

7.Tips:手动一张张抹除掉似乎有点慢,连续处理的话只需涂抹序列的第一张和最后一张要去除的区域,注意所选区域最好相近,Ctrl+i即可把该序列全选中。批量除洞点击菜单栏的Segmentation,然后选中Remove Islands.Mode模式选all slices.

8.分割完毕之后查看一下分割效果,先看下前后对比效果

9.右键Label框,找到SurfaceGen选项,生成表面,点击属性框的Apply.之后会出现一个后缀名为surf的框指向SurfaceGen框,然后右键后缀名为surf的框,选中SurfaceView.即可看到三维图形。

 

10.导出模型.右键后缀名为surf的框,选中Save Data AS,即可导出自己想要的3D模型,比如**.iv  、**.obj、**.stl等格式。我导出的是obj格式,渲染之后效果如下,还不错。

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Amira 5.4.3 是一种三维数据可视化和分析软件。该软件提供了强大的功能,可以用于处理和分析生物医学图像、地质勘探数据、油井数据、工程领域的数据等。 Amira 5.4.3 具有友好的用户界面,使得用户能够轻松地操作和控制软件。它支持多种数据格式,包括常见的DICOM、NIfTI、STL等,可以方便地读取和处理不同类型的数据。同时,Amira 5.4.3 也提供了许多强大的数据处理和分析工具,例如体绘制、曲面提取、图像分割、特征提取等。用户可以根据自己的需求选择合适的工具,对数据进行处理和分析。 Amira 5.4.3 还具有高度可定制性,用户可以根据自己的需求编写自定义的插件和脚本,并将其集成到软件中。这样,用户可以根据自己的特定应用场景,进一步扩展软件的功能,以满足自己的需求。 除此之外,Amira 5.4.3 还具有优秀的数据可视化功能。用户可以根据自己的需求选择不同的可视化方式,如体渲染、表面渲染、切片显示等,将数据展现出来。同时,Amira 5.4.3 还支持动态可视化,用户可以观察数据的变化过程,进一步理解数据的特性和规律。 总之,Amira 5.4.3 是一款功能强大的三维数据可视化和分析软件,可以用于处理和分析各种类型的数据。它具有友好的用户界面、强大的数据处理和分析工具、高度可定制性以及优秀的数据可视化功能。
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