如何读取dicom文件并且转换成png

读取dicom文件并且转换成png

第一次写文章,这篇主要讲的是怎么处理dicom格式的医学影像文件,并且转换成png,这样利于我们对图像进行处理。

导入需要的模块,如果没安装,都可以用pip进行安装。SimpleITK、dicom是操作医学影像的模块。

import os
import SimpleITK
import dicom
import numpy as np
import cv2
from tqdm import tqdm

定义好我们要用的函数

def is_dicom_file(filename):
    '''
       判断某文件是否是dicom格式的文件
    :param filename: dicom文件的路径
    :return:
    '''
    file_stream = open(filename, 'rb')
    file_stream.seek(128)
    data = file_stream.read(4)
    file_stream.close()
    if data == b'DICM':
        return True
    return False

def load_patient(src_dir):
    
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你可以使用pydicom库来读取和处理DICOM文件。下面是一个示例代码,演示了如何使用pydicom库来读取DICOM zip文件并将其转换PNG文件: ```python import os import pydicom from pydicom.pixel_data_handlers.util import apply_voi_lut from PIL import Image # 定义DICOM文件所在的文件夹路径 dicom_folder = 'path/to/dicom/folder' # 遍历文件夹中的所有文件 for file_name in os.listdir(dicom_folder): # 检查文件是否为zip文件 if file_name.endswith('.zip'): # 解压缩zip文件 zip_file_path = os.path.join(dicom_folder, file_name) unzip_folder = os.path.splitext(zip_file_path)[0] os.makedirs(unzip_folder, exist_ok=True) os.system(f'unzip {zip_file_path} -d {unzip_folder}') # 遍历解压缩后的文件夹中的所有文件 for dicom_file_name in os.listdir(unzip_folder): dicom_file_path = os.path.join(unzip_folder, dicom_file_name) # 读取DICOM文件 ds = pydicom.dcmread(dicom_file_path) # 提取像素数据 pixel_array = ds.pixel_array # 应用VOI LUT if 'VOILUTSequence' in ds: voi_lut = ds.VOILUTSequence[0] pixel_array = apply_voi_lut(pixel_array, voi_lut) # 将像素数据转换为图像 image = Image.fromarray(pixel_array) # 保存为PNG文件 png_file_path = os.path.join(unzip_folder, f'{dicom_file_name}.png') image.save(png_file_path) # 删除解压缩后的文件夹 os.system(f'rm -r {unzip_folder}') ``` 这段代码首先遍历DICOM文件所在的文件夹,找到所有的zip文件。然后,它会解压缩每个zip文件,并遍历解压缩后的文件夹中的所有DICOM文件。对于每个DICOM文件,它会使用pydicom读取文件,并提取像素数据。然后,它会应用VOI LUT(如果有的话),将像素数据转换为图像,并将图像保存为PNG文件。 请注意,你需要将代码中的`'path/to/dicom/folder'`替换为你实际的DICOM文件所在的文件夹路径。

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