使用R语言绘制层次聚类热图

最新推荐文章于 2024-12-12 10:12:47 发布
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分类专栏： 聚类
原文链接：https://blog.csdn.net/sinat_38163598/article/details/72770404
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R语言 pheatmap 热图 数据可视化 矩阵绘图
关键词由CSDN通过智能技术生成
本文介绍了如何使用R语言中的pheatmap包来创建美观的热图。通过实例展示了如何生成一个20行10列的随机正态分布矩阵，并利用pheatmap函数进行绘制，调整热图的维度和外观，提供更精细的控制。

摘要生成于 C知道 ，由 DeepSeek-R1 满血版支持， 前往体验 >

使用R语言进行聚类并绘制热图
PixelNovaO的博客
08-21 811
最后，我们使用heatmap函数绘制热图，其中Rowv参数指定了行聚类结果，Colv参数设置为NA表示不进行列聚类，scale参数设置为"column"表示对列进行标准化，col参数指定了颜色渐变方案。通过使用R语言的heatmap函数，我们可以方便地进行聚类分析并生成热图，以便更好地理解数据集中变量之间的关系和模式。颜色的深浅表示变量值的大小或标准化后的值，颜色的差异和聚类结果反映了变量之间的关系和模式。假设我们有一个包含多个样本和多个变量的数据集，可以使用R语言的数据结构（如矩阵或数据框）来表示。
R 语言分组聚类的热图
Mrrunsen的博客
01-27 5508
应该是会经常遇到这样的热图，就是说它的聚类情况无法与分组信息吻合。 其实这个并不是错了，是因为用于聚类的行（选出的这部分基因）的表达模式在两组之间没有明显区别。 只要改变基因数量，或者换一组基因，聚类树就有可能变得和分组吻合。 假如你尝试换了很多次还是没有办法让它们变得吻合，那就取消聚类。直接使用热图的参数cluster_cols = F即可。 图就会变成： 取消了列聚类，那么热图列的顺序就会按照矩阵列的顺序排布了。那当样本数量多起来的时候，组内的数据规律就无法清晰的展示。 所以会需要组..
R 数据可视化 —— 聚类热图 ComplexHeatmap(一)
dxs18459111694的博客
11-20 5973
使用pheatmap已经能够绘制满足大多数要求的聚类热图了。受pheatmap包的启发，提供了对热图更多更灵活的控制，如多数据热图的排列比较以及多种图形注释等。下面我们详细介绍包热图主体默认是由不同颜色填充的矩形框组成，我们姑且称之为单元格。我们可以使用cell_fun和layer_fun参数来自定义主体的图形样式cell_fun用于绘制每个单元格，layer_fun是其矢量化的版本，cell_fun使用简单，layer_fun执行速度快，样式多。
R语言绘制聚类热图
zegeai的博客
10-13 1950
聚类热图是一种直观的数据可视化工具。它以矩形彩色图表的形式呈现数据矩阵，每个单元格颜色对应特定数值，通常从低值的冷色调到高值的暖色调渐变。常应用于多个领域，如生物学中分析基因表达、蛋白质相互作用和生物群落；金融领域用于股票价格变化分析和风险评估；地理信息领域展示人口密度、气候数据等。还可用于网页设计分析用户行为及物流供应链管理。热图常结合层次聚类，以树状图展示行和列的聚类结果，便于发现相似模式。它能快速呈现复杂数据的结构和模式，帮助人们发现潜在规律和关系。
R 数据可视化 —— 聚类热图 pheatmap
dxs18459111694的博客
11-18 7424
在前面的章节中，我们介绍了如何使用ggplot2绘制热图ggplot2绘制热图的方式很多，如geom_tile等但通常仅仅绘制热图是不够的，还需要对数据进行聚类，即绘制聚类热图。例如，最常用的就是将差异基因的表达值绘制聚类热图，来查看基因在不同样本中的表达差异情况，或者比较不同聚类分组之间的差异。绘制聚类热图的包有很多，我们主要介绍pheatmap和。
【R语言】——绘制按聚类结果分组的热图 3（保姆级教程）
weixin_54004950的博客
12-07 6232
数据输入格式（csv格式）： 3 按聚类结果分组的热图 3.1 查看数据的分簇数 在绘制由聚类结果分组的热图前，需估计数据的分簇数，从而为后续分簇数选择提供依据。通常，选择类内平方和降低开始趋于平缓的聚类数作为较优聚类数： 图1 聚类簇图 3.3 生成聚类树 利用“tree_row” 和 “tree_col” 提取出对应的行列顺序，进而按预设的分簇数构建分簇数据集，为后续的热图绘制提供分组注释依据： 图2 基因聚类树利用“annotation_row”将分簇聚类数据结果进
【R语言】——pheatmap包绘制聚类热图1（保姆级教程）
热门推荐
weixin_54004950的博客
12-04 4万+
通常，热图是对所获得的数据或其他因素进行归一化处理后，用颜色的变化来直观表示不同样本间的变化情况。本质上其是由一个个用预设颜色表示数值大小的小方格组成的数据矩阵，并通过对因子或样本的聚类，观察不同样品数据间的相似性。常用的绘图软件：origin，excel，Tbtools，GraphPadPrismR语言绘制聚类热图的R包：pheatmap，heatmap，corrplot，complexHeatmap 其中，pheatmap是R语言中使用最广泛的用于绘制聚类热图的绘图包。使用该绘图包可以帮助我
层次聚类分析,层次聚类分析热图解读,matlab
09-10
之后，我们可以使用`dendrogram`函数绘制树状图，或者使用`heatmap`函数创建热图，直观地展示数据的聚类结构。热图中，颜色的深浅表示相似性的程度，通常，颜色越接近，表示对象间的相似性越高。 在处理数据时，...
科研绘图系列：R语言树结构聚类热图（cluster heatmap）
专注生信领域
09-22 1125
科研绘图系列：R语言树结构聚类热图（cluster heatmap）
干货分享 | R语言聚类分析和相关分析的热图详解
quanzhankaifaqua的博客
12-12 1708
该图展示了所有变量间的相关系数，颜色深浅表示相关系数的大小，并将显著的相关系数数值标记在图中。聚类分析是一种将数据集中的对象分组的统计方法，目的是使组内对象的相似度尽可能高，而组间对象的相似度尽可能低。这段代码生成的热图展示了基因表达数据中样本间和基因间的关系，并结合聚类树形图展示了基于样本和基因之间相似性的聚类结构。代码运行结果，如图所示，我们可以直观地了解基因之间的相关性情况，颜色变化展示了基因之间的关联性，帮助我们更好地理解数据中的模式和关系，为进一步的数据分析和探索提供了参考。
层次聚类分析,层次聚类分析热图解读,matlab源码.zip
10-15
层次聚类分析,层次聚类分析热图解读,matlab源码
使用R语言绘制层次聚类的树状图
2301_79331230的博客
08-25 1087
层次聚类是一种常用的聚类算法，它将数据集中的样本逐步聚合成一棵树状结构，形成聚类的层次结构。运行上述代码后，会显示一个树状图窗口，其中每个观测值都表示为树的叶节点，而聚类的合并过程则表示为树的内部节点。树状图的纵轴表示距离或相似性的度量，横轴表示观测值的索引。绘制层次聚类的树状图可以帮助我们可视化聚类结果，并更好地理解数据集中样本的相似性和聚类结构。除了默认的树状图外，我们还可以对树状图进行一些自定义设置。下面我们将介绍如何使用R语言绘制层次聚类的树状图，并提供相应的源代码。函数来可视化层次聚类的树状图。
R 数据可视化 —— 聚类热图 ComplexHeatmap(五)
dxs18459111694的博客
11-21 1066
alter_fun不仅可以传递一个函数列表，还可以传递一个函数，该函数多了一个参数，用于传递一个逻辑值向量，用于标识当前基因在当前样本中是否发生了对应的变异oncoPrint(},col = col设置为单个函数，可以更灵活进行自定义oncoPrint(n = sum(v) # 发生变异的数量if (n)w * 0.9,1 / n * h,设置为三角形填充oncoPrint(mat,# 控制背景的绘制，通常在放在第一个},},),col = col。
聚类热图分类注释_R语言篇:交互式热图绘制heatmaply
weixin_29732787的博客
01-04 2362
本篇介绍R中的一个绘制热图的工具包,相比于传统的热图,这个包可以绘制出的热图支持Zoom in/Zoom out，鼠标悬浮显示绘图数据等特性。图一.官方给的demo图1. 包安装安装方法可参见前文介绍的安装方法，本篇采用最简单的方式安装。>>install.packages("heatmaply)2. 绘图>>library(heatmaply)>&gt...
R语言数据可视化_科学统计图表3——ggplot绘制层次聚类图
qq_36711935的博客
08-23 3838
R语言数据可视化_科学统计图表3——ggplot绘制层次聚类图 层次聚类图相信大家都很了解了，但是我们往往只能够画一个十分朴素的层次聚类图，像这样的… 或许我们可以在这张图上稍作修改，但也仅限于在某个高度加条红线，这就造成了读图的困难。这个问题之所以困扰我们，是因为并不是所有的绘图函数都如ggplot一样充满艺术性且有非常多的受众（便于我们查找和学习）。就算某个根据ggplot开发的包能够绘制层次聚类图，它也不像ggplot那样能够任由我们天马行空的想象对图自由地进行修改。 所以我（趾高气昂），今天！用
热图中的层次聚类
Nolan777的博客
04-16 9386
首先明白相关系数这个东西 相关关系是一种非确定性的关系，相关系数是研究变量之间线性相关程度的量 简单相关系数：又叫相关系数或线性相关系数，一般用字母r表示，用来度量两个变量间的线性关系。 定义式 其中，Cov(X,Y)为X与Y的协方差，Var[X]为X的方差，Var[Y]为Y的方差 **协方差（Covariance）**中用于衡量两个变量的总体误差。而方差是协方差的一种特殊情况，即当两个变量是相同的情况。协方差表示的是两个变量的总体的误差，这与只表示一个变量误差的方差不同 不是概率分布时协方差公式： .
【R语言】——聚类热图行列分组信息注释热图2
weixin_54004950的博客
12-04 1万+
数据输入格式（csv格式）： 3 分组热图的绘制 首先需要对分组对象进行注释，随后使用“annotation_row”、“annotation_col”、“annotation_colors”、“annotation_legend”、“annotation_names_row”和“annotation_names_col”分别对行和列进行注释、行和列注释的颜色、图例信息注释显示、行和列注释的名称显示 图1 行分组后热图 图2 行和列注释的热图 图3 多条件分组注释的
R 数据可视化 —— 聚类热图 ComplexHeatmap(三)热图列表
dxs18459111694的博客
11-20 1162
我们继续介绍，今天要介绍的内容是热图列表。包的一个重要的功能是，能够在水平或竖直方向连接多个热图和注释，以图形化的方式展示各信息之间的关联通常水平方向的连接比较常用，我们介绍的重点也是水平连接，竖直的连接原理基本是一致的。在进行水平连接时，热图和注释的行数要相同例如，我们要绘制三个热图列表，数据如下使用以水平方向连接热图默认情况下，第二幅热图的行树状图会删除，并且其行顺序与第一幅热图一样，同时第一、二幅图的行名也被删除连接操作会返回对象，直接打印ht_list会调用draw函数。
R 数据可视化 —— 聚类热图 ComplexHeatmap(二)注释
dxs18459111694的博客
11-20 3905
用于对只有一行或一列的热图提供统计汇总注释如果数据为离散型向量，将绘制条形图Heatmap(对于连续型向量将绘制箱线图Heatmap(我们通常不会单独绘制只包含一列的热图，而是会与其他热图绘制在一起比如，我们在基因表达矩阵的边上，绘制一个lncRNA或MiRNA的表达热图# 设置热图配色# 绘制主热图# 绘制一列离散型热图# 设置离散型颜色),# 绘制一列连续型热图),# 按列添加多个热图中的所有注释函数都是使用类来构造的。
chiplot绘制ANI聚类热图
最新发布
01-18
### 使用 Chiplot 绘制 ANI 聚类热图 为了使用 `chiplot` 库绘制平均核苷酸同一性（ANI）聚类热图，首先需要准备两个主要部分： 1. **安装必要的软件包** 2. **准备输入文件** #### 安装必要软件包 确保已经安装了 Python 的 `pandas`, `numpy`, 和 `matplotlib` 包以及 `chiplot` 工具本身。可以通过 pip 来完成这些依赖项的安装。 ```bash pip install pandas numpy matplotlib seaborn chiplot ``` #### 准备输入文件 通常情况下，ANI 计算的结果会保存在一个矩阵形式的 CSV 文件中，其中每一行和列代表不同的基因组样本，单元格中的数值表示两者之间的 ANI 百分比相似度得分。 假设有一个名为 `ani_matrix.csv` 的文件如下所示: | GenomeA | GenomeB | GenomeC | |--|---------| | 1 | 0.9 | 0.85 | | 0.9 | 1 | 0.87 | | 0.85 | 0.87 | 1 | 此表格展示了不同基因组间的 ANI 值。 #### 示例代码及参数说明 下面是一个简单的例子展示如何加载上述格式的数据并通过 `chiplot` 进行可视化。 ```python import pandas as pd from chiplot import heatmap # 加载ANI数据 df_ani = pd.read_csv('path/to/your/ani_matrix.csv', index_col=0) # 设置绘图尺寸 plt.figure(figsize=(10, 8)) # 创建热力图 sns_heatmap = heatmap(df_ani, cmap="YlGnBu", # 颜色方案 square=True, # 是否保持方形单元格 annot=True, # 显示具体数值 fmt='.2f', # 数字显示格式 cbar_kws={"shrink": .5} # 控制颜色条宽度 ) # 添加标题 plt.title('Average Nucleotide Identity Heatmap') # 展示图形 plt.show() ``` 这段脚本将会读入指定路径下的 ANI 结果表，并利用 Seaborn 中集成的功能创建一个美观易懂的热力图来直观呈现各个样品间的关系[^1]。
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