应该是会经常遇到这样的热图,就是说它的聚类情况无法与分组信息吻合。
其实这个并不是错了,是因为用于聚类的行(选出的这部分基因)的表达模式在两组之间没有明显区别。
只要改变基因数量,或者换一组基因,聚类树就有可能变得和分组吻合。
假如你尝试换了很多次还是没有办法让它们变得吻合,那就取消聚类。直接使用热图的参数cluster_cols = F即可。
图就会变成:
取消了列聚类,那么热图列的顺序就会按照矩阵列的顺序排布了。那当样本数量多起来的时候,组内的数据规律就无法清晰的展示。
所以会需要组内聚类这样的操作咯。这个只能用complexheatmap来实现,我还顺便找到了注释条加分组标签的画法,变得比常规热图好看一丢。