R 语言分组聚类的热图

应该是会经常遇到这样的热图，就是说它的聚类情况无法与分组信息吻合。

其实这个并不是错了，是因为用于聚类的行（选出的这部分基因）的表达模式在两组之间没有明显区别。

只要改变基因数量，或者换一组基因，聚类树就有可能变得和分组吻合。

假如你尝试换了很多次还是没有办法让它们变得吻合，那就取消聚类。直接使用热图的参数cluster_cols = F即可。

图就会变成：

取消了列聚类，那么热图列的顺序就会按照矩阵列的顺序排布了。那当样本数量多起来的时候，组内的数据规律就无法清晰的展示。

所以会需要组内聚类这样的操作咯。这个只能用complexheatmap来实现，我还顺便找到了注释条加分组标签的画法，变得比常规热图好看一丢。

2.代码如下

rm(list = ls())
library(tinyarray)
a = geo_download("GSE56649",destdir