
应该是会经常遇到这样的热图,就是说它的聚类情况无法与分组信息吻合。
其实这个并不是错了,是因为用于聚类的行(选出的这部分基因)的表达模式在两组之间没有明显区别。
只要改变基因数量,或者换一组基因,聚类树就有可能变得和分组吻合。
假如你尝试换了很多次还是没有办法让它们变得吻合,那就取消聚类。直接使用热图的参数cluster_cols = F即可。
图就会变成:

取消了列聚类,那么热图列的顺序就会按照矩阵列的顺序排布了。那当样本数量多起来的时候,组内的数据规律就无法清晰的展示。
所以会需要组内聚类这样的操作咯。这个只能用complexheatmap来实现,我还顺便找到了注释条加分组标签的画法,变得比常规热图好看一丢。
本文介绍了R语言中如何处理热图的分组聚类问题。当基因表达模式在不同组间无明显区别时,聚类可能不匹配组信息。通过调整基因数量或使用complexheatmap,可以实现组内聚类,并展示样本规律。示例代码展示了如何取消列聚类以及创建带有注释条和分组标签的美观热图。
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