近来用GROMACS做简正模式分析(NMA),做完之后,想做后续工作需要用到Hessian矩阵和特征值和特征向量。但是GMX输出的特征值是十进制格式,输出的Hessian(.mtx)和特征向量(.trr)都是二进制文件,无法直接读出。
结果花了好多天的力气,曾试图改GMX底层代码,看了好多天他的c文件,结果头大。无奈又翻了几遍手册,发现居然有专门读取GMX二进制文件的命令~
具体操作如下
gromacs 4.5版本 gmxdump -f xxx.trr -om xxx.mdp >>xxx.txt
gromacs 5+版本 gmx dump -f xxx.trr -om xxx.mdp >>xxx.txt
这里如果不加上>>后边的这段,仅仅是写上xxx.mdp,是不会输出任何文件。我也不清楚为啥,只有将它转化为txt才有输出