R包在Linux下编译不通过 CentOS/Redhat R包使用最新的gcc编译

CentOS/Redhat R包使用最新的gcc编译
R包在Linux下编译不通过，原因是gcc版本太低怎么办？

一些有C++代码的R包可能会用到一些新的C++特性，需要C++11或者C++14。这个问题通常在CentOS/红帽系统上出现，因为系统稳定的要求，这个系列的系统它的C++版本很低。 但请读者前往注意了别自己编译新版本的gcc，然后替换掉系统的。这种操作我试过几次，系统基本上就崩掉了。

正确的解决方式是安装独立的gcc，通过环境变量引用和使用它。

在Root用户下操作：

yum install centos-release-scl
yum install devtoolset-9

然后在你使用R的用户下操作：

#If you use your non-root account to install packages, change /root to /home/your_id in the following command

mkdir -p /root/.R
vi /root/.R/Makevars 

将下面的内容写入打开的文件，然后保存：

CXX11=/opt/rh/devtoolset-9/root/usr/bin/g++ -std=c++11 -fPIC
CXX14=/opt/rh/devtoolset-9/root/usr/bin/g++ -std=c++14 -fPIC

如果没有root权限，可以通过conda来安装新版本的gcc,c++等：

conda install gcc_linux-64
conda install gxx_linux-64

加上conda-forge通道也可以。

另外可以一键安装常用的编译器：

conda install -c conda-forge compilers

安装完成后记得添加环境变量：

export CC=/path/to/anaconda/bin/x86_64-conda_cos6-linux-gnu-gcc
export CXX=/path/to/anaconda/bin/x86_64-conda_cos6-linux-gnu-g++

如果是R包编译，修改前面提到的Makevars文件即可。

如果使用的是miniconda，这个文件的内容可能就是这样的了：

CXX11=~/miniconda3/bin/x86_64-conda-linux-gnu-g++ -std=c++11 -fPIC
CXX14=~/miniconda3/bin/x86_64-conda-linux-gnu-g++ -std=c++14 -fPIC

这样就可以愉快地安装包了：

install.packages(“igraph”)