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单细胞RNA和单细胞ATAC文库理解
单细胞RNA和单细胞ATAC文库理解原创 2024-09-14 11:14:48 · 837 阅读 · 0 评论 -
R数据对象快速保存与读取:qs包
qs是一个R语言包,使用qs可以快速地从磁盘中保存和读取对象。** 它的主要目的是替换R中的saveRDS和readRDS函数,提供了一个更加快速而完整的数据读写方法。** 受到fst的启发,qs通过lz4/zstd库使用了类似的块压缩设计。它的不同之处在于,对属性和对象的引用设计了更普适的方法。一方面,saveRDS和readRDS是R数据序列化的标准,但是这些函数没有针对速度进行优化;另一方面,fst非常快,但只适用于部分数据类型如data.frame。原创 2024-09-13 17:37:11 · 332 阅读 · 0 评论 -
单细胞各类细胞常用marker基因
单细胞各类细胞常用marker转载 2024-05-10 10:22:15 · 1578 阅读 · 0 评论 -
人类免疫细胞及其marker
免疫细胞及其marker转载 2024-05-10 09:53:19 · 272 阅读 · 0 评论 -
Treg细胞,一个迷人又让人头疼的反派
Treg细胞转载 2024-05-10 10:03:23 · 72 阅读 · 0 评论 -
基于基因集打分的单细胞自动注释方法
【代码】基于基因集打分的单细胞自动注释方法。原创 2024-03-04 14:41:25 · 422 阅读 · 0 评论 -
单细胞数据读取分群聚类注释整合差异一条龙代码
单细胞原创 2022-11-01 16:51:41 · 802 阅读 · 0 评论 -
使用R绘制单细胞 细胞比例堆叠柱状图加面积连线(桑基图)
使用R绘制单细胞 细胞比例堆叠柱状图加面积连线(桑基图)原创 2022-09-23 10:32:47 · 3577 阅读 · 0 评论 -
基于单细胞marker gene数据库富集分数的细胞群注释方法
细胞注释原创 2022-09-07 17:51:38 · 680 阅读 · 0 评论 -
单细胞各种组织的marker gene
单细胞细胞亚群注释转载 2022-07-27 10:55:56 · 4325 阅读 · 0 评论 -
构建植物(棉花)BSgenome 参考基因组
BSgenome原创 2022-06-23 14:03:02 · 922 阅读 · 4 评论 -
linux安装rjags找不到JAGS动态链接库
BiocManager::install(“infercnv”) 安装失败其主要原因是自己的机器是64位linux系统,从网上下载JAGS的源码,编译之后,安装,发现安装到了lib目录下,而不是lib64目录下;运行程序,就提示找不到链接库,可用locate命令搜一下注:/lib64是内核级的,/usr/lib64是系统级的,/usr/local/lib64是用户级的./lib/ — 包含许多被 /bin/ 和 /sbin/ 中的程序使用的库文件。目录 /usr/lib/ 中含有更多用于用户程序的库原创 2020-09-09 11:29:06 · 2615 阅读 · 0 评论 -
五种免疫球蛋白:IgG、IgA、IgM、IgD和IgE
五种免疫球蛋白:IgG、IgA、IgM、IgD和IgE免疫球蛋白,英文缩写Ig,也叫丙种球蛋白,简称“丙球”。人血浆内的免疫球蛋白大多数存在于丙种球蛋白(γ-球蛋白)之中。Ig分为五类,即免疫球蛋白G(IgG)、免疫球蛋白A(IgA)、免疫球蛋白M(IgM)、免疫球蛋白D(IgD)和免疫球蛋白E(IgE)。其中IgG是最主要的免疫球蛋白,约占人血浆丙种球蛋白的70%。抗体都是免疫球蛋白,但免疫球蛋白并不都是抗体。重庆医科大学附属第二医院皮肤科李聪颖免疫球蛋白的两个重要特征是特异性和多样性。它们是机体转载 2020-05-25 13:49:33 · 9564 阅读 · 0 评论 -
单细胞分析R包monocle3服务器安装教程
由于centos7系统yum只能安装到低版本gdal,而monocle3依赖包需要 gdal>2 版本,从gdal官网下载2.4.4版本编译安装。monocle3的安装是通过cole-trapnell-lab安装的,该包挂在github上,需要通过github先安装leidenbase包,需要提前安装devtools包下载工具。接着利用BiocManager安装相应的依赖包,由于这些包的特殊性,所以不要切换到国内Bio_Mirror镜像,否则会找不到,如果一次不成功,缺啥补啥即可。运行 ldconfig。原创 2020-04-23 17:09:20 · 10798 阅读 · 2 评论