群体遗传进化&GWAS
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BSA分析详解
BSA(Bulked segregation analysis)即混合分组分析(BSA,or 集群分离分析法),也称分离群体分组分析,是指利用目标性状存在极端表型差异的两个亲本构建分离群体,在子代分离群体中,选取两组表型差异极端的个体分别构建混合池 ,结合高通量测序技术对混合样本测序,比较两组群体在多态位点(SNP)的等位基因频率(AF)是否具有显著差异,定位与目标性状相关联的位点并对其进行注释,研究控制目标性状的基因及其分子机制。在农学中,经常会遇到将与性状相关的基因或位点在基因组上进行定位的需求,相比于转载 2021-09-28 16:54:40 · 12653 阅读 · 1 评论 -
VCF变异结果文件详解
看懂变异记录结果文件(VCF)VCF做过DNA重测序,群体遗传进化,BSA,GWAS等项目的人都会遇到VCF文件,这个文件记录了全基因组的变异信息,如果不懂VCF文件就无法进行后续分析。VCF文件介绍:做过DNA重测序,群体遗传进化,BSA,GWAS等项目的人都会遇到VCF文件,这个文件记录了所有样品基因组中所有位置变异(主要包括SNP和InDel)信息。后续几乎所有的分析内容都是基于此文...原创 2020-01-16 14:23:38 · 10187 阅读 · 0 评论 -
snp标记计算PIC,香农信息指数等值
snp标记计算PIC,香农信息指数等值。原创 2024-06-12 16:07:29 · 489 阅读 · 0 评论 -
haploview单倍型分析
haploview单倍型分析原创 2024-05-27 16:28:08 · 300 阅读 · 0 评论 -
R语言手动评估计算基因组N50,N90
N50计算原创 2023-09-18 11:56:10 · 342 阅读 · 0 评论 -
进化树的几种分类详解
进化树的几种分类转载 2022-11-25 14:06:14 · 3499 阅读 · 0 评论 -
细胞器基因组核酸多样性(pi)计算
细胞器基因组核酸多样性(pi)计算原创 2022-11-22 10:01:22 · 3822 阅读 · 3 评论 -
叶绿体基因做跨物种系统发育分析
叶绿体基因 系统发育 进化树转载 2022-09-13 14:11:12 · 816 阅读 · 0 评论 -
使用Misa结合Primer3来批量设计SSR引物
Misa结合primer3 批量设计SSR引物转载 2022-08-16 10:33:00 · 1551 阅读 · 0 评论 -
基于SSR数据的群体结构分析和DeltaK值可视化
基于SSR数据的群体结构分析和DeltaK值可视化原创 2022-07-11 16:27:36 · 2036 阅读 · 2 评论 -
Treemix预测基因流原理和方法
什么是基因流在群体遗传学上,基因流(也称基因迁移)是指从一个物种的一个种群向另一个种群引入新的遗传物质,从而改变群体“基因库”的组成。通过基因交流向群体中引入新的等位基因,是遗传变异一个非常重要的来源,影响群体遗传多样性,产生新的性状组合。基因流会减少种群之间的差异。下图就形象地展示了基因交流的过程。在某个时期某处发生地质事件,形成一座很高的山峰将一群鸟类群体分隔开来,且鸟类无法自由飞越,一段时间后,由于鸟群生活环境发生巨变,造成山脉分割的两个群体羽毛颜色发生改变(一个群体是显性蓝色HH,一个群体是阴性转载 2022-04-13 17:06:58 · 4815 阅读 · 1 评论 -
LOESS 局部加权回归介绍
一般来说,两个变量之间的关系是十分微妙的,仅仅采用简单的直线、曲线参数方程去描述是不够的,所以这时候就需要非参数回归。关于非参数和参数方法的区别,就是在分析之前有没有对预测做一些限制,比如认为特征和响应变量之间具有线性关系,可以通过线性方程拟合,我们只需要求出方程的系数就是参数方法,比如之前提到的线性回归、多项式回归等等,而如果直接从数据出发进行分析就是非参数方法。正正因为没有限制,所以非参数方法拟合得到的曲线可以更好地描述变量之间的关系,不管是多么复杂的曲线关系都能拟合得到。loess(locally转载 2021-09-30 19:28:30 · 853 阅读 · 0 评论 -
BSA分析之MutMap分析原理详解
BSA分析原理BSA(分离体分组混合分析法或混合分组分析法,又称 集团分离分析法,Bulked Segregant Analysis)分析法首次由Michlmore等提出并成功地在莴苣中筛选出与目的基因相连锁的标记。该方法首先从一对具有目标基因的表型差异的亲本所产生的任何一种分离群体中,根据目标基因的表型分别选取一定数量的植株,构成 2个亚群或集团。将每群的 DNA等量混合,形成两个相对性状 的“基因池”(gene pool),然后用合适的分子标记对两个基因池进行分析,在两群间表现多态性的分子标记遗传上与转载 2021-09-28 16:57:11 · 4681 阅读 · 0 评论 -
重测序群体遗传进化分析之进化树构建
重测序大家都不陌生,它是检测样本基因组变异(SNP,indel,SV,CNV)的主要手段之一,有了这些变异信息,后续可以做很多分析工作,例如: 遗传群体可以进行遗传图谱构建、BSA分析等;大样本量自然群体,可以进行群体遗传进化分析等。今天,小编先给大家群体遗传进化分析内容中的进化树构建;教您如何利用重测序获得的SNP数据构建系统进化树,关于进化树的构建原理见:进化树构建原理。构建进化树的软件。转载 2021-09-28 16:26:24 · 9865 阅读 · 0 评论 -
比较基因组学常用分析软件和分析方法
比较基因组学常用分析软件和分析方法(1)同源基因的查找OrthoMCL or Orthofinder;(2)多序列比对Muscle / MAFFT / ClustalW / T-coffee, Muscle 效果好点(3)调取保守区域,并收尾连接,形成supergeneGblocks(4)进化树构建RaxML MEGA 等, 很多文献用RaxML,PhyML或Mrbayes,因为ML树和贝叶斯进化树对核苷酸 / 氨基酸替代模型的选择非常敏感,故在进行进化树或分化时间构建之前,需对核苷酸 /转载 2020-11-03 11:46:29 · 7710 阅读 · 1 评论 -
系统进化树的构建步骤和常用软件
系统进化树的构建步骤和常用软件系统发生树(phylogenetic tree 或 evolutionary tree)又名分子进化树,被认为具有共同祖先的各物种间演化关系的树,它用来表示系统发生研究的结果,是生物信息学中描述不同生物之间的相关关系的方法。通过系统学分类分析可以帮助人们了解所有生物的进化历史过程。如此一来,关注系统分类的亲们就需要先确立一个小目标 —— 构建一棵系统进化树 —— 看看下面的步骤,构建系统进化树拢共需要 5 步。可仅建树方法选择这一步,就有多种选项……系统进化树构建步骤乱转载 2020-10-22 15:51:48 · 10778 阅读 · 0 评论 -
使用R/qtl进行QTL分析
使用R/qtl进行QTL分析原创 生信小王子 生信小王子 2月2日QTL分析是进行基因精细定位和克隆的基础,今天小编教大家使用R包" qtl "进行QTL分析。在开始分析前,我们需要准备两个输入文件:基因型和表型文件。基因型文件:表型文件:基因型和表型文件均保存为逗号分隔的csv文件。准备好两个输入文件后,我们就可以开始分析啦!安装R包install.packages(“qtl”)加载R包library(“qtl”)导入基因型和表型数据sug <- read.cross(“c原创 2020-09-19 18:35:48 · 6990 阅读 · 0 评论 -
遗传图谱构建及QTL定位的基础知识详解
遗传图谱构建及QTL定位的基础知识点基因定位最有效且最常用的方法就是构建遗传连锁图谱进行基因定位,该方法对于数量性状和质量性状的基因定位都适用。今天,小编简单讲解一下遗传图谱构建及QTL定位的一些基本知识点。质量性状:指能观察但不能测量的性状,同一种性状的不同表现型之间不存在连续性的数量变化,而呈现质的中断性变化。多由一对或少数几对基因控制。比如,花药的有无、芒的有无、血型、子粒的颜色等。其杂交后代的个体可根据性状明确分组,遗传关系简单,一般服从三大遗传定律。数量性状:指个体间表现的差异只能用数原创 2020-09-19 15:16:40 · 16771 阅读 · 7 评论 -
QTL不同定位软件的比较和概念解释
QTL不同定位软件的比较从目前研究看,动植物的表型性状大多是有多基因控制的数量性状,而寻找这些数量性状基因在染色体上的位置的方法就是QTL定位。利用高密度遗传图谱进行QTL定位,是现在最为高效、准确的方法之一,而进行QTL定位的软件多种多样,在进行具体分析时如何选择也经常困扰着研究者。今天,小编就来说说几款常用软件的区别,这样当我们有一张图谱的时候才能知道哪款软件最适合,话不多说,干货如下。今天要比较的软件有MapQTL、R/qtl、QTL IciMapping和WinQTLCart四款,下面先对每个软原创 2020-09-19 13:51:25 · 7250 阅读 · 0 评论 -
mummer基因组共线性分析详解
在生物信息中,基因组共线性分析dotplot图几乎全部是用MUMmer或者LAST做的。相比对LAST,MUMmer生成的图似乎更加美观和详细,last-plot会可能会省略一些过长的id,而mummerplot会全部写出来。MUMmer的安装1.1 安装MUMmer主程序前,需要先安装gnuplot:从gnuplot的官网http://www.gnuplot.info/ 链接到其sourceforge下载页。注意:最新版的gnuplot v5.2.6在后续运行时与MUMmer4可能不太兼容,会原创 2020-09-08 14:09:47 · 13585 阅读 · 0 评论 -
全基因组完整数据实战
一个人全基因组完整数据分析脚本人全基因组分析一直是整个测序行业最重要的内容之一,随着各种测序仪性能的快速提升,人全基因组测序价格越来越便宜,周期越来越低,可以预见,即将有越来越多的人全基因组被测序出来。这里我们将系统介绍一个完整的人全基因组分析案例,人全基因组分析可以大致分为四个过程。1、从DNA到fastq;2、从fastq到bam;3、从bam到vcf;4、从vcf到pdf;一、从DNA到fastq从DNA到fastq也就是测序的过程,对于人全基因组的测序,要分清楚几个问题?1、选择哪种转载 2020-07-21 08:44:17 · 5691 阅读 · 2 评论 -
共线性分析软件MCScanX安装、报错解决方法及使用
MCScanX安装、报错解决方法及简单使用1.简介:(1)介绍:MCScanX采用改进了的MCScan算法,分析基因组内或者基因组间的共线性区块。它利用两个物种蛋白质(或核酸)blastp比对结果,再结合这些蛋白质基因在基因组中的位置(处理过的gff),得到两个物种基因组的共线性区块。如果是分析基因组内的共线性区块,物种内蛋白质自己比对自己就可以。mannual:http://chibba...转载 2020-03-23 12:53:17 · 5412 阅读 · 2 评论 -
GWAS分析之绘制 SNP 密度图
绘制 SNP 密度图一般使用 CMplot 绘制SNP密度图:包链接:https://github.com/YinLiLin/R-CMplot要绘制 SNP 密度图,仅仅需要三列即可:a. 第一列是 SNP 名称b. 第二列是染色体c. 第三列是 SNP 的位置d. 第四列开始为不同性状的P值示例数据:SNP Chromosome Position trait1 ...转载 2020-01-17 09:46:02 · 6600 阅读 · 0 评论 -
群体遗传,进化分析利器Popgene分享给大家
Popgene分析方法:SSR为显性分子标记,故将实验分析数据作为单倍型数据进行统计,在某一位点上依据条带的有或无分别记为1或0,输入Excel表中形成二元数据矩阵。在此数据基础上进行如下统计分析:多样性分析,运用POPGENE Version 1.31软件计算地椒各种群间及种群内全部个体多态位点百分率、种群总基因多样性(Ht)、种群内基因多样性(Hs)、种群间的遗传分化指数(Gst)(Gst=...原创 2020-03-04 21:22:01 · 9717 阅读 · 7 评论