haploview单倍型分析

awk_bioinfo

已于 2024-05-29 10:24:16 修改

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分类专栏：群体遗传进化&GWAS 生物信息文章标签：单倍型分析 haploview

于 2024-05-27 16:28:08 首次发布

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只需要vcf文件和候选区间信息。按照下面的代码逻辑即可完成分析。

awk -F"\t" '{if($1~/^#/){print $0}else{if($1=="Chr_23" && $2>=6810142 && $2<=6830142){print $0}}}' All.SNP.filt.recode.vcf  > ud10.vcf
awk -F"\t" '{print $1"_"$2"\t"$2}' ud10.vcf|grep -v "^#" > ud10.info
/opt/software/plink --vcf  ud10.vcf --make-bed --out ud10 --recode --double-id --allow-extra-chr
sed -i 's/-9/0/' ud10.ped # 名字不能有中横线？
java -jar /biodata/02.software/Haploview.jar -n -q -log sample.log -pedfile ud10.ped -info ud10.info -skipcheck -blockoutput ALL -png -svg -ldvalues RSQ -check -mendel -dprime -compressedpng