如何理解与定义药效团指纹(2D Pharmacophore Fingerprints)?——以 rdkit 为例
条件基本熟悉 rdkit 的使用。正文概念药效团指纹综合考虑了化学信息和结构信息,从原理上适合于描述分子间的相互作用。化学信息指的是利用SMARTS定义的一套原子类型的指定规则;结构信息指的是通过2D分子图上一对原子间的最短路径,为选取的原子对(二元组)、三元组、四元组等等引入几何信息。下面这张图(ref:10.1021/ci7003253)比较形象地说明了三元组的编码方案。值得注意的是,这篇文献的实现着重强调了一个原子可能被同时分配于若干种原子类型,因此同样的原子组合可能贡献了若干指纹位。所
原创
2022-03-08 22:35:32 ·
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