系统大作业. 多酶级联反应酶配比及投料优化(1)

最新推荐文章于 2021-04-24 13:59:09 发布

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文章标签：系统 Simbiology

本文链接：https://blog.csdn.net/qq_37364789/article/details/103386664

版权

资料来源

主要的参考文献是
004_Maximizing the Efficiency of Multienzyme Process by Stoichiometry Optimization
和 ETH_Zurich 文件夹中的 002_Forward design of a complex enzyme cascade reaction；
第一篇文章是三个酶/5(7)反应的问题；
第二篇文章是糖酵解的优化问题。

数据/参数来源

004文中和SI中有模型/参数
002的主要在参考文献中
KEGG(?)

方法

理解酶促反应模型

Matlab求解稳态解

采用CSTR模型。目标为所用的酶总量最少；待优化参数为投料和中间产物的量；限制条件为中间产物的量：具有上界和下界。

优化方法？

Matlab工具箱Simbiology

求解时序问题
如何在Matlab环境下写一个类似脚本的调优循环？(Integrate with Matlab)

参考资料

(声明：本文的链接不一定全部有效；如无法跳转请结合关键字自行搜索。)
Simbiology-Mathworks官网
SimBiology® 提供用于对动态系统进行建模、仿真和分析的应用程序和可编程工具，主要用于药代动力学/药效动力学 (PK/PD) 和系统生物学应用。它提供了用于构建模型的模块图编辑器，您也可以使用 MATLAB® 语言以编程方式创建模型。SimBiology 包含一个常见的 PK 模型库，您可以对其自定义并与系统生物学的机理模型集成。
采用多种模型探查技术，您可以确定最佳给药方案和在细胞途径中推定的药物靶标。SimBiology 使用常微分方程 (ODE) 和随机求解器来仿真药物暴露量、药物功效、酶和代谢物水平的动态变化。您可以使用参数扫描和敏感度分析来研究系统动态并指导实验。您还可以使用单个对象或群体数据来估算模型参数。

Features of Simbiology

Matlab Videos板块中搜索Simbiology，大概有15个左右的相关视频。

创建模型

Building a model in Simbiology

通过initial assignment指定动力学参数
改变参数的作用域(命名空间)
改变模拟的全局属性，如模拟时长/单位统一等
通过列表视图(table)增加reaction或species项

QSP modelling

MATLAB and SimBiology Facilitate QSP Modeling and Analysis to Support Drug Development

Model中的diagram中的Cloning：创建同一Species的多个副本
Simulation的Property(右键)中选择需要被展示的量
Simulation 在explore选项卡中增加不重叠的plot
Dose中指定给药方案
Simulation中叠放不同方案下的结果；Doses to apply指定Simulation的给药方法
Explorer tools 更改模型参数：interactive 交互式的方法；或者Parameter Scan：Automatic 的方法（Editor->Open->Scan）
可以在Scan的结果中给出min_t(x(t))
Sensitivity analysis 针对参数的敏感性分析
Variants 创建无副本的模型变体
可以查看模型的Matlab代码并实现自动化

总结：