Brenda to Cytoscape (2,v1.0)

Intro

Cytoscape是生信常用的图数据表示软件，网络资料如下：
Cytoscape官网
知乎：最新版Cytoscape安装注意事项
知乎：一网打尽：cytoscape详细教程
本机已经安装了JDK，可以参考Java 开发环境配置。

Merge

Youtube上有系列视频：

1. Quickstart Tutorial - Basic Expression Analysis (08:38)
   • 导入文件
   • Table Panel 操作
   • Control Panel 操作
   • Select(Filter)选项卡：筛选条件
   • 选择图显示label
   • 根据列表项风格化(continuous)
   • 应用layout setting.
   • 选择子图：选中多个节点，扩展一步，生成子图
2. Hwo to use Cytoscape (1:10:34)
   • 搜索基因从数据库导入数据
   • 选择最大子图
   • 搜索
   • 从文件导入数据
   • Control Panel
   • Tool Panel/Layout Tools > 设置节点的排布方式，Scale，Rotate
   • Layout 设置 > yFile Layouts
   • network analysis > Results Panel
   • Visualize Parameters
     一个区别是似乎没有 Visualize Parameters这个功能了，但是在原表格上加上了许多列，统一在Control Panel设置，更加繁琐和灵活。
   • Filter > Column, Degree, Topology
   • 网络结构分析：degree, clustering coefficient
   • 图性质：Small World, Scale Free, Disassortativity, Hubs,
   • 根据图性质画表的功能仍需要探究一下
   • Batch Analysis
   • Apps 可以在网上下载插件
3. Cytoscape PPI Network layouts | High quality network Figures for Publication | Bioinformatics
   • 为了进行PPI分析，需要安装STRING软件获取对于其数据库的访问。

Target

1. 清晰地显示酶的名称，物质的名称以及相互关系(substrate)。
2. 以degree来设定节点的大小；
3. 通过degree筛选的方式来筛选出约30-50个重要酶与重要物质，图示他们的连接关系。

Mannual

导入ECIs.txt，导入Enzymes.txt和Chemicals.txt作为Table文件。共有节点694个，边2270个。进行Analyze Network。

全图显示

1. 风格选择“default”。

2. 设置对边的Filter，筛选出Substrate subnetwork。共有节点493个，边1099个。

3. Plot Histogram
   以Degree为X坐标。
   
   比较典型的长尾分布。

4. 设置node和edge的格式：
   对 node 根据 type(chemical, enzyme)进行Fill Color和Shape的设置：
   Fill Color: Red 和 绿色
   对 node 根据 degree 进行 Height, Width 和 Label Font Size的设置：
   Height/Width：Handle Position: （1，2），（10，20），(96，40)
   Label Font Size: Handle Position:(1,2),(10,5),(96,10)
   调整边的颜色和粗细：
   初步效果图：