Python
文章平均质量分 88
ZOOEEER
这个作者很懒,什么都没留下…
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使用 Pubchempy 一行命令从 Pubchem 数据库中批量下载化合物 3D 构象的 sdf 文件
利用python批量下载化合物3D构象原创 2022-02-11 12:00:58 · 6436 阅读 · 13 评论 -
Brenda-利用SOAP API访问Brenda及本地保存
利用Brenda提供的SOAP API来访问Brenda获取内容,将原API接口进行改写使得可以更方便地获取整表内容。同时将网络资源保存到本地。原创 2021-03-06 18:34:41 · 990 阅读 · 1 评论 -
Brenda Parser NewDev (1, v2.0)
目录ReviewTargetTODO表格表项表项对任务的支持从Brenda中获取信息,整理为数据表格式代码工作为genTables()添加REFERENCE的正则表达式测试代码对于整个文件的鲁棒性Review先复习一下寒假前的代码Brenda Parser README。这个版本的代码实现的功能是为每一个EC号维护一个酶表(库),物质表和酶-物质相互作用表。目前需要改进的方向:定义反应方程式表(实际上在处理过程中也整理出来了),参考文献表,酶命名表等一系列我们可能感兴趣的文摘内容。将各个EC号各自原创 2021-03-02 14:37:13 · 402 阅读 · 0 评论 -
Brenda Parser README(1, v1.0)
本文是通过Brenda获取酶促反应信息的第一篇博文,主要讲如何从Brenda提取信息,并进行格式整理。核心在于信息提取正则表达式的编写。原创 2021-01-12 10:34:20 · 823 阅读 · 1 评论 -
Anaconda 折腾指南
首先推荐一个油管的conda视频(26min):https://www.youtube.com/watch?v=23aQdrS58e0旧的不去昨天试着用rdkit频道(官网推荐的第一个安装方法)在base环境安装了一下rdkit,因为网络问题,中间有两个包没安装成功,果不其然,最终安装失败。然后,一切就回不去了…之后,使用conda的任何命令,都会出现conda inconsistency的提示,然后是WARNING,要求将conda版本由4.8.2升级到4.8.3(这个被证明仅仅是个Warnin原创 2020-07-08 20:18:47 · 490 阅读 · 0 评论