PyRosetta教程(dhj)-1

目录

• 1.前言
• 2.Pyrosetta简介
• 3.Rosetta能量评分函数
• 4.折叠简介
• 5.结构优化
• 6.包装和设计
• 7.对接
• 8.高分辨率本地对接
• 9.循环建模
• 10.使用对称性
• 11.使用密度
• 12.使用抗体

1.前言

略

2.Pyrosetta简介

Rosetta的教程文档

https://docs.rosettacommons.org/docs/latest/Home

2.1姿势（Pose basic）

Pose 类包括描述结构的各种类型的信息。一些核心组件包括 Energies、PDBInfo 和 Conformation。请参阅 Rosetta3 白皮书以了解更多信息

Part01

from pyrosetta import *
init()

# 加载pdb文件
pose = pose_from_pdb("5tj3.pdb")

# 查看pose的序列
pose.sequence()

# 有时 PDB 文件不符合标准，需要清理才能使用 PyRosetta 成功加载
# 确保成功加载文件的一种方法是仅包含 PDB 文件中的 ATOM 行
# 或者，您可以使用 pyrosetta.toolbox 中的 cleanATOM 函数来实现相同的目的

# cleanATOM 函数为您创建一个清理的 5tj3.clean.pdb 文件

from pyrosetta.toolbox import cleanATOM
cleanATOM("5tj3.pdb")

pose_clean = pose_from_pdb("5tj3.clean.pdb")

pose_clean.sequence()

# 非经典氨基酸和异氨基酸被更明确地拼写出来
pose.annotated_sequence()

pose_clean.annotated_sequence()

from pyrosetta import *
init()

pose = pose_from_pdb("5tj3.pdb")
pose_clean = pose_from_pdb("5tj3.clean.pdb")

# 使用方法计算残留物并从姿势中挑出残留物。
# 请记住，这是一个 python 类，要访问它实现的方法
# 您需要该类的一个实例（此处或 ），然后在实例后使用一个点

print(pose.total_residue())
print(pose_clean.total_residue())


# 使用该函数存储姿势残留物 20 的信息
# residue20 = type here
### BEGIN SOLUTION
residue20 =  pose.residue(20)
### END SOLUTION
print(residue20.name())


# 获取蛋白质姿势的第 24 个残基
# store the 24th residue in the pose into a variable (see residue20 example above)
### BEGIN SOLUTION
residue24 = pose.residue(24)
### END SOLUTION


# PyRosetta 内部用于姿态残基的编号与 PDB 文件不同。可以通过对象访问与PDB文件对应的信息
print(pose.pdb_info().chain(24))
print(pose.pdb_info().number(24))

# 我们可以将 PDB 编号（需要链 ID 和残基编号）转换为姿势编号
# PDB numbering to Pose numbering
print(pose.pdb_info().pdb2pose('A', 24))

2.2Pymol可视化

from pyrosetta import *
init()

pose = pose_from_pdb("5tj3.pdb")

from pyrosetta import PyMOLMover

#pymol初始化：https://blog.csdn.net/qq_45757266/article/details/118053706

pmm = PyMOLMover()

clone_pose = Pose()
clone_pose.assign(pose)
pmm.apply(clone_pose)