一.序列比较
3 种常见的DNA序列替换记分矩阵
- 等价矩阵(即核酸一样才得分)
- 转换-颠倒矩阵( 嘌呤换嘌呤-----转换,嘌呤换嘧啶---------颠倒。前者发生较为常见)
- BLAST (两个核苷酸在比对时相同时得分为+5,反之为-4,此时比对效果较好)
3 种常见的蛋白质序列替换记分矩阵
- 等价矩阵
- PAM矩阵
- BLOSUM
- 上述PAM和BLOSUM比对使用方法
BLOSUM-80 | BLOSUM-62 | BLOSUM-45 |
PAM-1 | PAM-120 | PAM-250 |
亲缘关系较近的 序列之间的比对 | 亲缘关系远的 序列之间的比对 |
对于关系远的,由于PAM-250是推算的,BLOSUM-45更具有优势,关系近的,二者差别不大。但
最常用的是BLOSUM-62
- 遗传密码
- 输水矩阵
二.比较两个序列的方法:打点法、序列比对法
打点法在线软件
Dotlet,Dnadot,Dotter,Dottup