生物信息序列比对相关

一.序列比较

3 种常见的DNA序列替换记分矩阵

• 等价矩阵（即核酸一样才得分）
• 转换-颠倒矩阵（ 嘌呤换嘌呤-----转换，嘌呤换嘧啶---------颠倒。前者发生较为常见）
• BLAST （两个核苷酸在比对时相同时得分为+5，反之为-4，此时比对效果较好）

3 种常见的蛋白质序列替换记分矩阵

• 等价矩阵
• PAM矩阵
• BLOSUM

1. 上述PAM和BLOSUM比对使用方法             

BLOSUM-80	BLOSUM-62	BLOSUM-45
PAM-1	PAM-120	PAM-250
亲缘关系较近的 序列之间的比对		亲缘关系远的 序列之间的比对

 

对于关系远的，由于PAM-250是推算的，BLOSUM-45更具有优势，关系近的，二者差别不大。但 

最常用的是BLOSUM-62

• 遗传密码
• 输水矩阵

二.比较两个序列的方法：打点法、序列比对法

打点法在线软件

      Dotlet,Dnadot,Dotter,Dottup