跟着Nature Microbiology学作图：R语言ggplot2做黑白格的热图

本地文件 s41564-021-00997-7.pdf

论文

Protective role of the Arabidopsis leaf microbiota against a bacterial pathogen

今天的推文来重复一下论文中的figure6a

今天的推文先画黑白格的热图，关于添加线段注释和左侧的绿色热图放到下期推文介绍

首先是示例数据集

读取数据

library(readxl)
library(tidyverse)

df<-read_excel("41564_2021_997_MOESM14_ESM.xlsx",
               n_max = 40)

这里用到了n_max参数，是因为数据文件的结尾还有一行数据，这里我不想读入，最方便的办法是直接手动删掉，不想删就指定读取的行数

宽格式数据转换为长格式