FFTW、OpenMM、PDBFixer

FFTW:是一个C子程序库，用于计算一个或多个维度，任意输入大小，实数和复数数据（以及偶数/奇数数据，即离散余弦/正弦变换）的离散傅里叶变换（DFT）或DCT.DST

OpenMM:用于分子模拟的高性能工具包。将其作库或应用程序。用于测试性生物分子模拟的Omnia工具套件的一部分

PDBFixer:一个易于使用的应用程序，用于修复蛋白质数据库文件中的问题，为模拟他们做准备。他可以修复一下问题：

（1）添加缺失的重原子

（2）添加缺失的氢原子

（3）构建缺少的循环

（4）将非标准残留物转换为其标准等效物

（5）为列出多个备用位置的原子选择单个位置

（6）从模型中删除不需要的链

（7）删除不需要的杂志

（8）建立一个水箱，用于明确的溶剂模拟