OpenMM——教程学习(1)

1. 如何从零开始做一个蛋白小分子动力学模拟

AmberTools将被用来生成输入文件，OpenMM 将被用来运行模拟，模拟平台为在线百度AI Stuio, 并使用GPU加速。
First thing’s first, 到PDB 蛋白数据库下载一需要模拟的靶点晶体，备用。
1. H++ web server ，输入蛋白编码，预处理蛋白，下载 后缀为 crd和top 两个文件备用 (Note: If you use it regularly, please register)
（如果第一步生成失败了，请阅读一下原因，如果是因为氨基酸序列缺失，backbone boken，or missing residue，调到第5步，使用openmm-setup修复下载，再回来走完整合流程。)
2. 在线（AI Studio）使用conda 安装一个独立的python3.9 环境，取名可为AmberTools (可能需要重启命令终端) ,如有询问y/n，输入y
(请自行用手机号提前注册一个百度AI studio平台的账号，新建一个"项目"，点击"启动环境"，这样，你在云端就有了一台性能不错的虚拟机)

conda create --name AmberTools python=3.9

3. 激活python环境, 并安装AmberTools21,如有询问y/n，输入y (！注意，如果你是用本地计算机需要用conda activate 但是在百度的平台我们需要用sourcre activate)

source activate AmberTools
conda install -c conda-forge ambertools=21 compilers 

运行AmberTools 所包含的一些列工具处理小分子，合并小分子和蛋白，生成新的crd和top文件（相对于第1步）

4. Windows本地电脑安装Anaconda，然后启动Anaconda命令行，输入(与第3步类似)，并安装一个用于准备OpenMM动力学输入文件的图形界面工具,如有询问y/n，输入y

conda create --name openmm python=3.9 # 这一句命令后，可能需要关掉再打开
conda activate openmm
（openmm）conda install -c conda-forge openmm-setup

5.启动openmm-setup图形界面，你的默认浏览器将会自动弹出成为一个动力学准备软件界面, 输入openmm-setup，回车即可

（openmm）openmm-setup

6. 回到百度AI Stuido, 在公开项目中搜索”OpenMM-蛋白-小分子动力学模拟“项目，喜欢，点赞后，fork到你自己的账号中，点击，”运行一下“。上传第5步生成的输入文件，开始模拟。
7. 下载模拟生成的output.pdb或者output.dcd到本地计算机，使用VMD进行分析，分析的教程请自行搜索，再次不在赘述。

步骤3：（在继续之前，请验证你已经成功完成了ambertools的安装）
conda activate ambertools
注意，第1步下载的两个文件的名称分别为 0.15_80_10_pH6.5_1ODX.top，和0.15_80_10_pH6.5_1ODX.crd, 数字代表了生成这些文件的H++web server条件。这些名字是什么不重要，你可以随意修改。下面一条命令是利用这两个文件来重新生成一个蛋白pdb,我们后面的模拟就用这个新的蛋白。新蛋白的名字为0.15_80_10_pH6.5_1ODX.pdb

ambpdb -p 0.15_80_10_pH6.5_1ODX.top -c 0.15_80_10_pH6.5_1ODX.crd > 0.15_80_10_pH6.5_1ODX.pdb

接下来，我们需要用到最最开始我们下载的那个PDB结构了，虽然这个结构中的蛋白部分我们不再需要（因为我们刚刚新生成了一个），但是小分子还是要从这个结构中提取。并对提取的这个小分子进行加氢，或者还原，并对其格式进行正规化矫正。从这里开始，我们下面将一共生成6个与小分子有关的结构，即ligand1到ligand6，注意命名方式。

awk '$4=="0E8"' 1ODX.pdb > ligand1.pdb # 该命令意思为提取pdb文件的第四列，小分子在这里
reduce ligand1.pdb > ligand2.pdb # 还原，也就是向小分子加氢
#如果加氢失败，请使用open babel 加氢。
#conda install -c conda-forge openbabel
#obabel -ipdb ligand1.pdb -opdb -O ligand2.pdb -h

pdb4amber -i ligand2.pdb -o ligand3.pdb # 格式美化，或者格式矫正

（选择性步骤：用txt编辑器打开确认你的clean版本的小分子pdb文件已经加氢，并且其格式不同于格式标准化之前的版本）
接下来我们需要生成小分子的mol2格式文件
(注意！如果小分子含有氧原子如酮，需要特别注意加氢是否正确，特别是如果使用pymol代替reduce加氢的情况下)

antechamber